2000-ben jött létre a Janus Pannonius Tudományegyetem, a Pécsi Orvostudományi Egyetem, és a szekszárdi Illyés Gyula Tanárképző Főiskola egyesülésével.
A korábbi Erzsébet Tudományegyetemet a második világháború utáni névváltoztatások után átszervezték, az orvostudományi kart önálló egyetemmé alakították (POTE), a hittudományi kart is leválasztották, így a Pécsi Tudományegyetem egyetlen (jogi) karral működött 1975-ig, amikor Közgazdaságtudományi karral bővült.
1948-ban alapították meg az Állami Pedagógia Főiskolát. 1962-ben az intézmény felvette a Pécsi Tanárképző Főiskola nevet.
Az 1945-ben alapított, egykori Pécsi Szociális és Egészségügyi Szakképző Iskola fenntartói jogát és az intézmény működtetését 2008 augusztusában vette át Pécs Megyei Jogú Város Önkormányzatától a Pécsi Tudományegyetem.
A korábbi Erzsébet Tudományegyetem orvostudományi kara 1951-től önálló egyetemként működött tovább. 1995-től létrejött az Egészségtudományi Kar az orvosi egyetemen belül.
2000-től az egyesült PTE része.