A tanszéket 1870 közepén alapították, élére Huszfalvy Jánost nevezték ki, aki a Műegyetemen a statisztika, földrajz és történelem tanára volt. Őt Lóczy Lajos követte a katedrán. Lóczy működése idején hozták létre a Földrajzi Intézet és Szemináriumot (1891). A szeminárium vezetését 1894-ben Kövesligethy Radó vette át. Lóczy 1908-ban befejezte egyetemi működését, utódává a Bölcsészkar Czirbusz Gézát választotta.
1913-ban Kövesligethy vezetésével a szeminárium egy része önállósult. (Kozmográfiai és Geofizikai Szeminárium). A Földrajzi Szeminárium megmaradt részei beolvadtak az Intézetbe (Földrajzi Intézet és Szeminárium).
Czirbusz halála után 1920-tól két évtizeden keresztül Cholnoky Jenő állt a tanszék élén. Cholnoky nyugalomba vonulása után 1940-ben engedélyezték, hogy a Földrajzi Intézeten belül két tanszék létesüljön. A régebbi vezetésével Bulla Bélát bízták meg (Általános és Fizikai Földrajz, majd Általános Természetföldrajzi Tanszék). Az újonnan megalakult Emberföldrajzi Tanszéket (később Általános Gazdaságföldrajzi Tanszék) Mendöl Tibor irányította.
1952-ben az Intézet korábban megkezdett átalakítása folytatódott. Az akkori nézetek szerint a földrajztudományt a természeti és társadalmi, valamint az általános és regionális kutatások mentén kell művelni, így az oktatás szerkezetét is ennek megfelelően kell átalakítani. Ezt részben átnevezéssel, részben új tanszékek alapításával vélték megoldani. Az Általános Természeti Földrajzi Tanszék és a (kor kívánalmainak megfelelően átnevezett) Általános Gazdasági Földrajzi Tanszék mellé létrehozták a Regionális Gazdasági Földrajzi Tanszéket, ennek Koch Ferenc lett a vezetője.
A negyedik tanszék, a Regionális Természeti Földrajzi Tanszék felállítása – megfelelő vezető hiánya miatt – elmaradt. A Földrajzi Intézet igazgatója Bulla Béla lett, ugyanis az 1941. évi megegyezés szerint az intézetet mindig a természeti földrajz professzora vezeti.
Az intézetet 1961-ben megszüntették, de az új szervezeti forma – a Földrajz Tanszékcsoport – csak jóval később, 1983-ban alakult meg.
2006-ban a Természettudományi Kar átszervezésekor létrejött a Földrajz- és Földtudományi Intézet. A karon egyedülálló módon az intézet két központra oszlott, és két igazgatóhelyettest nevezett ki a dékán, akik egyben központvezetők is voltak. Továbbá három évente felváltva töltötték be az intézet vezető tisztségét.
Ezzel egyidejűleg sikerült megvalósítani a több évtizedes tervet, a második természetföldrajzi tanszék, a Környezet- és Tájföldrajzi Tanszék létrehozását részben a természetföldrajzi, részben a főiskolai földrajz tanszék oktatói karából.
Földrajzi Tanszék és Intézet vezetői:
Hunfalvy János 1870-1888
Lóczy Lajos 1888-1908
Kövesligethy Radó 1908-1910 (helyettesít)
Czirbusz Géza 1910-1920
Cholnoky Jenő 1921-1940
Bulla Béla 1941-1961
Földrajz Tanszékcsoport vezetői:
Sárfalvi Béla 1983-1992
Gábris Gyula 1992-1998
Nemes-Nagy József 1999-2005
Földrajztudományi Központ vezetői:
Gábris Gyula 2006-2007
Rédei Mária 2007-2010
Horváth Erzsébet 2010-2012
Nagy Balázs 2012-2020
Jákobi Ákos 2020-
Földrajz- és Földtudományi Intézet vezetői:
Horváth Ferenc 2006-2008
Szabó Mária 2008-2012
Karátson Dávid 2010-2019
Harangi Szabolcs 2019-