Trefort Ágoston vallás- és közoktatásügyi miniszter - a Bölcsészkar 1885. március 24-i rendkívüli ülésének felterjesztésére válaszolva - 1886. június 6-i leiratában határozta el három bölcsész-szeminárium, köztük a Történelmi Szeminárium felállítását. A Bölcsészkar felterjesztése és a miniszter leirata is helyesen határozta meg a szemináriumi munka célját a hallgatók tudományos munkába való egyéni és módszeres bevezetésében, valamint - ami addig szintén hiányzott az egyetemi oktatásból - a tanárnak a diákokkal való közvetlen érintkezésének kialakításában. Az egyetemi oktatás elmélyítése szempontjából is nagy jelentőségű, belső, tudományos működésére nézve teljesen önálló szemináriumok az 1887/88. tanévben kezdhették meg működésüket.
A Történelmi Szeminárium első igazgatója Salamon Ferenc volt. Őt a középkori egyetemes történetet tanító Lánczy Gyula, majd a művelődéstörténetet előadó Békefi Remig követte. Igen népszerűek voltak és sok hallgatót vonzottak a Szemináriumot 1911-től igazgató Marczali Henrik magyar történelemmel foglalkozó órái. Jeles tudósok, így Fejérpataky László és Áldásy Antal voltak a Szeminárium vezető tanárai. A kezdeti tizenötös hallgatói létszám 1911-re már 34 főre emelkedett, az 1920-as és 1930-as években pedig elérte a 40 főt is. A Történelmi Szeminárium rangját jelzi, hogy a két világháború között is olyan tanárai voltak, mint Angyal Dávid, Szekfű Gyula, Lukinich Imre, Hajnal István, Hóman Bálint, Mályusz Elemér. Áldásy Antal és Szentpétery Imre pedig a Szeminárium igazgatói tisztét viselték.
A Szemináriumot 1949-ben az egyetemi reformmal kapcsolatos intézkedések során szűntették meg, illetve szervezték át; részben a levéltáros képzés vette át a Szeminárium szerepét.