A Pécsi Tudományegyetem és a Pécsi Tanárképző Főiskola egyesülésével jött létre. 1992-ben a Tanárképző Főiskolai kar kettévált Bölcsészettudományi, és Természettudományi karokra. 1996-ban Művészeti Kar alakult.

A korábbi Erzsébet Tudományegyetemet a második világháború utáni névváltoztatások után átszervezték, az orvostudományi kart önálló egyetemmé alakították (POTE), a hittudományi kart is leválasztották, így a Pécsi Tudományegyetem egyetlen (jogi) karral működött 1975-ig, amikor Közgazdaságtudományi karral bővült.

Pozsonyban alakult az egyetem, részlegesen meg is kezdte működését, amikor az első világháború után a békeszerződések értelmében költöznie kellett. 1923-ig ideiglenesen Budapesten működött, majd Pécsre költözött.

A korábbi Erzsébet Tudományegyetem orvostudományi kara 1951-től önálló egyetemként működött tovább. 1990-től létrejött az Egészségtudományi Kar az orvosi egyetemen belül.
2000-től az egyesült PTE része.