Cholnoky Jenő nyugalomba vonulása után 1940-ben engedélyezték, hogy a Földrajzi Intézeten belül két tanszék létesüljön. A létrejövő Általános és Fizikai Földrajz Tanszéknek 1941 és 1962 között a Cholnoky-tanítvány Bulla Béla lett a vezetője. Fő kutatási területe Magyarország természeti erőforrásainak kutatása keretében a domborzati viszonyok átalakulásának vizsgálata, a földrajzi környezet minőségének, az antropogén hatásának a feltárása. Bulla Béla halála után Láng Sándor (szintén Cholnoky-tanítványa volt) vette át a tanszék irányítását. Vezetése alatt alakult meg a szakmódszertani csoport.
A Természetföldrajzi Tanszék vezetője lett a Földrajzi Intézet mindenkori vezetője is.
Tanszékvezetők:
Bulla Béla 1941-1962
Láng Sándor 1963-1972
Székely András 1972-1990
Zámbó László 1990-1993
Gábris Gyula 1993-2007
Karátson Dávid 2007-

A tanszék 1952-ben alakult meg az 1940-ben létrejött emberföldrajzi tanszékből. A tanszék vezetésével Koch Ferencet bízták meg, aki pályája kezdetén Teleki Pál tanársegéde volt. Működése során megvetette egyetemünkön a regionális gazdasági földrajz oktatásának alapjait. A regionális jelző a tanszék nevében arra utal, hogy a természeti- és gazdasági földrajzot egyszerre vizsgálja egy adott területen. Wallner Ernő ugyancsak tevékenyen kivette részét az alapok lerakásában.
Tanszékvezetők:
Koch Ferenc 1952-1966
Sárfalvi Béla 1966-1990
Próbáld Ferenc 1990-1994
Nemes-Nagy József 1994-2015
Bottlik Zsolt 2015-2018
Szabó Pál 2018-

A tanszéket 1870 közepén alapították, élére Huszfalvy Jánost nevezték ki, aki a Műegyetemen a statisztika, földrajz és történelem tanára volt. Őt Lóczy Lajos követte a katedrán. Lóczy működése idején hozták létre a Földrajzi Intézet és Szemináriumot (1891). A szeminárium vezetését 1894-ben Kövesligethy Radó vette át. Lóczy 1908-ban befejezte egyetemi működését, utódává a Bölcsészkar Czirbusz Gézát választotta.
1913-ban Kövesligethy vezetésével a szeminárium egy része önállósult. (Kozmográfiai és Geofizikai Szeminárium). A Földrajzi Szeminárium megmaradt részei beolvadtak az Intézetbe (Földrajzi Intézet és Szeminárium).
Czirbusz halála után 1920-tól két évtizeden keresztül Cholnoky Jenő állt a tanszék élén. Cholnoky nyugalomba vonulása után 1940-ben engedélyezték, hogy a Földrajzi Intézeten belül két tanszék létesüljön. A régebbi vezetésével Bulla Bélát bízták meg (Általános és Fizikai Földrajz, majd Általános Természetföldrajzi Tanszék). Az újonnan megalakult Emberföldrajzi Tanszéket (később Általános Gazdaságföldrajzi Tanszék) Mendöl Tibor irányította.
1952-ben az Intézet korábban megkezdett átalakítása folytatódott. Az akkori nézetek szerint a földrajztudományt a természeti és társadalmi, valamint az általános és regionális kutatások mentén kell művelni, így az oktatás szerkezetét is ennek megfelelően kell átalakítani. Ezt részben átnevezéssel, részben új tanszékek alapításával vélték megoldani. Az Általános Természeti Földrajzi Tanszék és a (kor kívánalmainak megfelelően átnevezett) Általános Gazdasági Földrajzi Tanszék mellé létrehozták a Regionális Gazdasági Földrajzi Tanszéket, ennek Koch Ferenc lett a vezetője.
A negyedik tanszék, a Regionális Természeti Földrajzi Tanszék felállítása – megfelelő vezető hiánya miatt – elmaradt. A Földrajzi Intézet igazgatója Bulla Béla lett, ugyanis az 1941. évi megegyezés szerint az intézetet mindig a természeti földrajz professzora vezeti.
Az intézetet 1961-ben megszüntették, de az új szervezeti forma – a Földrajz Tanszékcsoport – csak jóval később, 1983-ban alakult meg.
2006-ban a Természettudományi Kar átszervezésekor létrejött a Földrajz- és Földtudományi Intézet. A karon egyedülálló módon az intézet két központra oszlott, és két igazgatóhelyettest nevezett ki a dékán, akik egyben központvezetők is voltak. Továbbá három évente felváltva töltötték be az intézet vezető tisztségét.
Ezzel egyidejűleg sikerült megvalósítani a több évtizedes tervet, a második természetföldrajzi tanszék, a Környezet- és Tájföldrajzi Tanszék létrehozását részben a természetföldrajzi, részben a főiskolai földrajz tanszék oktatói karából.

Földrajzi Tanszék és Intézet vezetői:
Hunfalvy János 1870-1888
Lóczy Lajos 1888-1908
Kövesligethy Radó 1908-1910 (helyettesít)
Czirbusz Géza 1910-1920
Cholnoky Jenő 1921-1940
Bulla Béla 1941-1961

Földrajz Tanszékcsoport vezetői:
Sárfalvi Béla 1983-1992
Gábris Gyula 1992-1998
Nemes-Nagy József 1999-2005

Földrajztudományi Központ vezetői:
Gábris Gyula 2006-2007
Rédei Mária 2007-2010
Horváth Erzsébet 2010-2012
Nagy Balázs 2012-2020
Jákobi Ákos 2020-
Földrajz- és Földtudományi Intézet vezetői:
Horváth Ferenc 2006-2008
Szabó Mária 2008-2012
Karátson Dávid 2010-2019
Harangi Szabolcs 2019-

Bár a Bölcsészkar már 1867-ben, majd 1872-ben is felterjesztést tett az Egyetemi Tanácsnak egy földtani tanszék létesítésének szükségességéről, a tanszék önállósodása csak 1895-ben kezdődött, mikor Koch Antalt az őslénytan és a földtan tanárává nevezték ki. A tanszék teljes szervezeti különválására 1915-ben, Papp Károlynak a földtan tanárává (1918-tól nyilvános rendes tanár) történt kinevezésével került sor.
Tanszékvezetők:
Koch Antal ?-1913
Papp Károly 1915-1945
Vadász Elemér 1945-1964
Vitális Sándor 1964-1970
Kubovics Imre (mb.) 1970-1972
Báldi Tamás 1972-1994
Nagymarosy András 1994-2004
Csontos László 2005-2006
Mindszenty Andrea 2007-2011
Pálfy József 2011-2018
Kovács József 2018-2022
Fodor László Imre 2022-

A Mikrobiológiai Tanszék 1953-ban vált ki a Növényrendszertani Tanszékből Bánhegyi József mikológus professzor vezetésével. Ekkor még Mikrobiológiai Intézet néven működött, majd 1962-től tanszékként folytatta tevékenységét. 1953 és 1956 között az Élet- és Földtudományi Kar része volt, majd 1957-től a Természettudományi Karhoz tartozik. 1974-től a Biológiai Tanszékcsoport része.
Tanszékvezetők:
Bánhegyi József 1953-1973
Gergely János 1973-1974
Szabó István Mihály 1974-1995

Az 1980-as évek elejére sürgető problémaként merült fel a Természettudományi Karon működő matematika tanszékek, az egész szakterület struktúrájának a megreformálása. Szükségesnek látszott egy olyan integrált szervezet létrehozása, amely összefogja és egységes irányítás alá vonja a különböző matematika tanszékeket és így jobb feltételeket biztosít az oktatás és a kutatás számára, lehetővé teszi a nem egyetemen dolgozó, színvonalas kutatómunkát végző matematikusok egyetemi oktatásba való bevonását és megerősíti az alkalmazott matematikai kutatásokat.
A probléma megoldására a Művelődésügyi Minisztérium 1983. szeptember 1.-jével Matematikai Intézetet állított fel, élén Császár Ákos akadémikus, egyetemi tanárral. Az intézet irányításában az igazgató mellett az Intézeti Tanács vett részt.
Az intézet felállításával a tanszékek struktúrája is megváltozott, a 7 matematikai tanszékből az átszervezés során 8 lett: összevonták a két geometria tanszéket, megszűntették a Numerikus és Gépi Matematika tanszéket és helyette felállítottak egy Számítógéptudományi, valamint egy Számítástechnikai Tanszéket, ugyanakkor a két analízis tanszék közül az egyiket Numerikus Analízis Tanszékre változtatták és felállították az Operációkutatási Tanszéket.
A kialakított új struktúra azonban nem váltotta be a hozzá fűzött reményeket, állandó volt a tanszékek közötti feszültség az új feladatmegosztás, valamint a különböző személyi súrlódások miatt. A Művelődési Miniszter ezért 1987. március 30-i hatállyal megszűntette a Matematikai Intézetet és helyette létszámban közel egyenlő tanszékcsoportokat állított fel. Így 3 tanszékcsoport jött létre: Matematika I. tanszékcsoport, Matematika II. tanszékcsoport és Informatikai tanszékcsoport.

Kémiát az orvostudomány keretében, orvosi vegytanként tanítottak először egyetemünkön. Amikor Mária Terézia 1770-ben orvosi karral egészítette ki a nagyszombati egyetemet, ennek kapcsán és keretében került sor a kémiai tanszék megalapítására. Ez még nem volt teljesen önálló, közös tanszéke volt a kémiának és a botanikának. Első professzorává Winterl Jakabot nevezték ki ugyancsak 1770-ben, aki haláláig, 1809-ig vezette a tanszéket. Winterl jelentősége iskolaalapító voltában rejlik: az első magyar kémikus nemzedék (még mind orvosok) az ő tanítványai sorából kerültek ki. Tanítványai alkották a magyar kémiai nyelvet, közöttük Schuster János, aki a kémia tanszék második professzora lett, 1811-ben nyert kinevezést. 1817-ben Kitaibel Pál botanikaprofesszor halála után a tanszék kettévált és Schusternek csak a kémia tanszék maradt, amit haláláig, 1838-ig vezetett. Utóda a tanszék élén Sangaletti Ede volt, 1841-től 1853-ig. 1850-ben az osztrák mintát követve a kémiai tanszéket az Orvosi Karról áthelyezték a Bölcsészkarra, amivel lehetővé vált az önálló kémikusképzés s a vegyészi doktorátus lehetősége, és bevezették a tanárjelöltek kémia oktatását is. A tanszék azonban még további száz évig ellátta az orvos és gyógyszerész-hallgatóság kémia tanítását is. 1854-ben Theodor Wertheim lett a kémia professzora, aki eredményes szerves kémiai kutató tevékenységet folytatott. Utóda 1860-tól Than Károly, aki 48 évig, 1908-ig állt a tanszék élén. Az ő idejében a magyar kémia az oktatás, a kutatás és a szervezés terén igen nagy fejlődésen ment keresztül: a gazdasági fejlődés következtében nőtt a kémia jelentősége, önálló foglalkozássá és megélhetéssé vált és ez növelte a képzés súlyát. 1872-ben készült el a Than kezdeményezésével megépített új, korszerű vegytani intézet. Than Károly igen aktív tudományos közéleti tevékenységet fejtett ki (1907-ben MTA alelnök, 1895-ben elindítja a Magyar Chemiai Folyóiratot), eredményes tudományos kutatómunkát végzett és hozzájárult az oktatás korszerűsítéséhez (korszerű magyar nyelvű kémiai tankönyvet írt.).
Halála után a tanszékből 1909-ben új tanszék vált ki, amely felvette a III. sz. Kémiai Intézet nevet (a második tanszéket, a II. sz. Kémiai Intézetet még 1877-ben hozták létre).
Az első az I. sz. Kémiai Intézet élén Winkler Lajos következett (1909-1934), aki az analitikai kémia területén szerzett nemzetközileg is elismert nevet.
1933-ban, amikor az egyetem kémiai tanszékei nevet kaptak az I. sz. kémia lett az "Analitikai és Gyógyszerészeti Kémiai Intézet." Winkler helyére Széki Tibor került (1934-1949), aki kizárólag az addig elhanyagolt szerves kémia területén végzett kutatásokat, és aki alatt 1939-ben az intézet felvette a Szerves és Gyógyszerész Kémiai Intézet nevet.
1949-ben az orvoskar kiválásával az intézet nevéből elmaradt a "Gyógyszerész" jelző, és mint Szerves Kémiai Tanszék folytatta működését Bruckner Győző vezetésével (1949-1971).
Tanszékvezetők:
Eduard Sangaletti (?-1853)
Theodor Wertheim (1853-1860)
Than Károly (1860-1908)
Winkler Lajos (1908-1934)
Széki Tibor (1934-1949)
Brückner Győző (1949-1970)
Kucsman Árpád (1970-1993)
Hollósi Miklós (1993-2006)
Hudecz Ferenc (2006-2007)
Perczel András (2007-2010)
Hudecz Ferenc (2010-2016)
Perczel András (2016-2022)
Novál Zoltán (2022-)

Az Általános és Szervetlen Kémiai Tanszék a III. Kémiai (Vegytani) Intézet - 1938-tól Általános Kémiai Tanszék - jogutódjaként alakult, s 1953-tól kezdődően szerepel mai nevén.
A Tanszék jogelődje a III. sz. Kémiai Intézet, amelyet 1909-ben harmadik kémiai tanszékként alapítottak (kivált az I. sz. Kémiai Intézetből) Buchböck Gusztáv vezetésével (1909-1935), feladataként a kísérleti kémia és a fizikai kémia tanítását jelölvén ki. Buchböck halála után Gróh Gyula követte őt a tanszék élén (1936-1939).
Tanszékvezetők:
Buchböck Gusztáv (1909-1935)
Széki Tibor (1935-1936)
Gróh Gyula (1936-1952)
Lengyel Béla (1952-1966)
Csákvári Béla (1966-1992)
Sohár Pál (1992-2000)
Szepes László (2000-2006)
Fogarasi Géza (2006-2008)
Szalay Péter (2008-2010)
Pasinszki Tibor (2011-2018)
Rohonczy János (2018-2023)
Szabados Ágnes (2023-)

1863-tól működött az egyetemen az Állattani és Állatboncztani Intézet és Gyűjteménytár, amely kezelte az egyetem zoológiai gyűjteményét. Az intézet neve 1882-től Állattani és Összehasonlító Boncztani Intézet és Gyűjteménytár volt. 1949 után a biológia szak struktúrájában változások következtek. Az Általános Állattani és Összehasonlító Bonctani Intézetben fokozott hangsúlyt kapott az állatélettan, majd a sejttan. 1973-tól a tanszék neve Állatszervezettani Tanszék lett a neve. A tanszéken működő Élettani Csoportból 1967-ben önállósult az Állatélettani Tanszék.
Tanszékvezetők:
Mödlinger Gusztáv 1954-1969
Kovács János 1969-1993