1635-ben, az egyetem alapítása idején két karon indult meg a tanítás: a Facultas Theologicán és a Facultas Philosophicán. A magyar nyelvű oktatás bevezetése óta a Facultas Philosophica neve Bölcsészeti vagy Bölcsészettudományi Kar. Ezt "bölcsészeti tanfolyam"-ként emlegették, mivel hosszú ideig előkészítő jellege volt: az Egyetem többi fakultására csak a Bölcsészkar elvégzése után lehetett tovább lépni. A Kar keretében állították fel 1782-ben az Institutum Geometricum-ot (Mérnökképző Intézet), amely a mai Budapesti Műszaki Egyetem elődje, és amely 1850-ig tartozott hozzá. A 19. század közepétől a tudományos munka mellett a Kar feladata lett a tanárok képzése is, ezért alakult meg 1862-ben a Tanárvizsgáló Bizottság, majd 1870-ben a Tanárképző Intézet. Szervezetileg ugyan mindkettő független volt a Kartól, de szorosan együttműködött vele. Az 1949. évi reform alapvető változást hozott a Karon: 1949. május 16-tól leváltak a természettudományokkal foglalkozó tanszékek (intézetek), és önálló karrá alakultak Természettudományi Kar néven. 1953-ban, az újabb szervezeti változás következtében a Nyelv- és Irodalomtudományi, illetve a Történettudományi Kar 1957-ig külön dékáni hivatallal - s így önálló karként - működött. 1957-ben a két kar ismét egyesült, és Bölcsészettudományi Kar néven működik napjainkban is.

A természettudományi tárgyakat 1949-ig a Bölcsészettudományi Karon oktatták. A Vallás- és Közoktatásügyi Minisztérium rendelete értelmében a Bölcsészettudományi Kar 22 tanszékéből, a Botanikus Kertből és a Fizikai- Kémiai- és Embertani Intézetekből 1949. május 16-án alakult meg a Természettudományi Kar. A karon a tanárképzés mellett az ötvenes évek elején indult meg a nem tanár-szakos szakemberek képzése. 1953-ban - a decentralizáció jegyében - a kart kettéválasztották Matematikai Fizikai- Kémiai és Élet- és Földtudományi Karra. A két fakultás 1957-ben egyesült ismét Természettudományi Karrá.