1944 második felében a keleti front egyre közelebb került az országhoz, majd a fővároshoz. Bár a háború korábban sem segítette intézményünk működését, az immáron hazánk területén is zajló hadműveletek egyenesen ellehetetlenítették azt. Súlyos károk keletkeztek a campus épületeiben, a hallgatók közül pedig oly sokaknak kellett bevonulniuk, hogy oktatásuk idővel abbamaradt.
Hogy mégse szűnjön meg teljesen az állatorvosképzés, ősszel a Vallás- és Közoktatásügyi Minisztérium úgy határozott, hogy a harmad- és negyedéves hallgatókat Bécsbe telepíti, s ott rövidített tanfolyamra íratja be őket. A tanári kar ugyan ellenezte az intézkedést, de véleményének kifejezésén túl egyebet nem tehetett. A bécsi tanfolyam 1944. december 14-től 1945. március végéig tartott. Négy katonai behívóval berendelt tanár: Csukás Zoltán (1900–1957), Hetzel Henrik (1875–1949), Kovács Gyula (1899–1987) és Sályi Gyula (1903–1982) oktatott 139 hallgatót. A háború után a kar csak akkor volt hajlandó elismerni ezeknek a hallgatóknak a féléveit, ha megismételték vizsgáikat.
1944 novemberében alakult meg az egyetemi Táncsics Mihály zászlóalj. Azokat a diákokat tömörítette, akik megtagadták az engedelmességet a megszálló német uralomnak és a nyilas hatalomnak. A szervezetbe állatorvostan-hallgatók is beléptek.
[forrás: 200 éves a magyar állatorvosi felsőoktatás. 1787–1987. Szerk. Holló Ferenc. Bp. 1987. 99.]

Az iktatott iratok 1983-tól folytatólagosan vannak meg, iktatókönyv 1992-2005 közötti időszakhoz áll rendelkezésre, többi egyenkénti átnézéssel kutatható. Beszámolók és a vegyes iratok egyenkénti átnézéssel kutathatóak.

A Gazdasági Bizottság 1929-ben alakult, üléseinek ránk ma­radt utolsó jegyzőkönyve 1948. szeptember 28-án készült. A Gazdasági Bizottság havonkénti ülésein a Vallás- és Közoktatásügyi Mi­nisztérium, a Gazdasági Igazgatóság, a karok képviselői és az ülés tárgyától függően egyes meghívottak vettek részt. Felada­tai közé a költségvetés, a zárszámadás és az anyagi források karok közötti szétosztása tartozott. Az első húsz ülés jegyző­könyve hiányzik, az 1944 októbere utáni ülések jegyzőkönyvei esetlegesen maradtak fenn. Az anyag egyenkénti átnézéssel ku­tatható.