A zoológiai gyűjtemény alapját Habsburg Mária Anna főhercegnő természetrajzi gyűjteménye vetette meg. A gyűjteményt Piller Mátyás (1733-1788) rendezte és gyarapította. Mivel az állattant eredetileg az Orvosi Karon oktatták, a gyűjteményt is ott helyezték el. Az 1830. évi egyetemi almanach szerint a zoológiai és ásványtani gyűjtemény egy közös természetrajzi múzeumot alkotott. 1850-től azonban a zoológia oktatása átkerült a Bölcsészettudományi Karhoz. 1860-tól Állattani Gyűjtemény volt a neve, majd 1863-tól Állattani és Állatboncztani Intézetnek és Gyűjteménynek nevezték. 1886-ban a Múzeum krt. 4. szám alatti épületben kapott elhelyezést. 1862-től Margó Tivadar volt a zoológia tanára, aki a gyűjteményt is világszínvonalúvá fejlesztette. A második világháborúban jelentős károkat szenvedett. 2002-ben költözött a gyűjtemény az ELTE Lágymányosi kampuszára, ahol a C épület üvegpiramisában látható.
Az állagban nagyrészt a múzeum leltárai találhatóak meg.

Az iratok évek és iktatószámok szerint vannak rendezve. Iktató- és mutatókönyvek segítségével kutathatóak.

Az állagban találhatóak 1913-tól a Papnövelde utcai, a Cukor utcai, a Prohászka Ottokár utcai iskolák, 1955-től az Apáczai Gimnázium anyakönyvei. Az iratok kötetben, betűrendben kutathatóak.

Az iratok döntő többsége iktatás nélküli, egyenkénti átnézéssel kutatható.

Az 1948 utáni egyetemi reformok az oktatás tartalmának és az egyetemi képzés módszereinek átalakítása mellett az egyetem igazgatási szerveiben is változásokat hoztak. Megszűnt a Quaestura, az anyakönyvezési, pénztári és számvevői feladatokat ellátó hivatal, hatáskörét a Dékáni Hivataloknak alárendelt Tanulmányi Osztályok vették át. Az eddig a Quaestura által végzett anyakönyvi nyilvántartás, valamint a hallgatók félévenkénti tanulmányi változásainak a törzskönyvbe való bevezetése a kari Tanulmányi Osztályok feladatkörébe került át.
Levéltárunk is tükrözi ezt a szervezeti változást: az eddig a Quaestura fondjában őrzött törzskönyvek ezentúl a megfelelő karok fondjaiban külön állagot képeznek. Így például a Jogtudományi Kar törzskönyveinek folytatása a kar ezen állagában keresendő.
Jelen állagban az esti és levelező tagozatos törzskönyvek az 1952/53. tanévtől kezdődnek és az 1985/86. tanévig hiánytalanul megvannak, a hallgatók személyi adatait, valamint félévenkénti bontásban tanulmányaikra vonatkozó adatokat tartalmazzák.
1947/48-ban bevezették az esti tagozatos képzési formát, - amely a kétéves esti munkástanfolyam (42440/1945 VKM.) helyébe lépett - majd 1951-ben a levelező oktatást is (128/1951. (VI.17.) MT. sz. rendelet). Ezeken a tagozatokon munkaviszonyban lévők és e képzési forma jelentőségét frekventáltsága jelzi: a 60-as évek közepéig az esti és levelező tagozaton együttvéve kétszer annyi diák járt, mint a nappalin.

Az alkalmazottak törzskönyvei a kert dolgozóinak személyi és szolgálatai adatait tartalmazzák. A napszámosok nyilvántartása a be- és kilépések időpontjait közli, a napszámkönyv és a kertészsegédek bérkimutatásai a munkaidők és a kifizetett bérek jegyzéke.

A kutatás szempontjából a fond legérdekesebb része az anyagának túlnyomó többségét képző törzskönyvek csoportja. A törzskönyvek gyakorlatilag folyamatosan és hiánytalanul megvannak az 1918/19-es tanévtől 1949-ig. A törzskönyveket karonkénti bontásban az adott félévre beiratkozott hallgatók származási (=anyakönyvi) lapjainak egybekötésével alakították ki. Az anyakönyvi lapok tartalmazzák a hallgatók személyi adatait, így szüleik nevét, foglalkozását, a hallgatók vallását, és előképzettségét, valamint tanulmányi adatokat, hallgatott órák címét, előadó nevét, félév igazolását.
A törzskönyvek meglévő kötetei megbízható, pontos forrásanyagot képviselnek, így jó alapul szolgálhatnak egyrészt a hallgatók származásának vizsgálatához, az egyetemi hallgatóság összetételének változásaira irányuló kutatásokhoz, másrészt pedig művelődés-, tudomány-, és egyetemtörténeti elemzésekhez. Az egyetemi törzskönyvek alapján jól feldolgozható az egyetemi hallgatóság alakulása a különböző politikai-társadalmi változások (pl. 1918-19, trianoni határok közti Magyarország megszületése, a későbbi határváltozások, 1945 stb.) hatása.
Az anyag egy része, a legnagyobb forrásértékű vég- és távozási bizonyítványok mutatók segítségével jól kutathatók. A törzskönyvek tanévenként a betűrend alapján használhatók.

Az állag ülési jegyzőkönyvekből, beszámolókból és vitaanyagokból áll.

Az állag ülési jegyzőkönyveket, beszámolókat, rendezvények szervezésével kapcsolatos iratokat, külföldi szervezetekkel való kapcsolattartásra vonatkozó iratokat tartalmaz. 1970-es évektől tematikusan válogatott levelezés található. Iktatókönyvek hiányában egyenkénti átnézéssel kutatható.