Mária Terézia 1770. október 24-i elhatározásával - míg az egyetemi magistratus megszervezhetővé válik - királyi egyetemi consistoriumot (Regium Consistorium Universitatis) állított fel. A testület kinevezett elnökből, a négy kar és az egyetemi gimnázium igazgatójából állt. Működését az 1770/71. tanévben kezdte meg. A consistorium mellett a Magistratus Academicus is létezett, kezdetben igen korlátozott hatáskörrel. Tagja a négy kar választott dékánja, továbbá a kinevezett kancellár volt. 1784-től az egyetemi ügyek közvetlen vitele csak erre a testületre tartozott. A későbbiekben a elnöke a rektor, tagjai a jegyző, valamint a kari dékánok és prodékánok voltak. 1950 után lényegesen bővült az Egyetemi Tanács összetétele tanárokkal és különféle társadalmi szervezetek képviselőivel. A fennmaradt első 1940/41-es tanévi kötetben még havi egy üléssel találkozunk, az ötvenes évek közepétől évente 4-5 ülésre került sor.
Az 1946/47-es tanévtől hiánytalan a sorozat. 1952-től az elhangzott hozzászólásokat nem a jegyzőkönyvi szövegben találjuk, hanem a mellékletként mintegy 20 dobozt megtöltő külön sorozatban. Az ezekben található anyag lényegileg megegyezik a jegyzőkönyveikkel, az iratok darabonkénti átnézéssel kutathatók. Az 1971/72-es tanévtől annyiban változik a helyzet, hogy a mellékleteket is tartalmazzák a jegyzőkönyvek. A köteteket lapszámozással, esetenként tárgy-, illetve névmutatókkal látták el. Az 1990 utáni időszakban a tanácsülésekről már csak hangszalagok készülnek s csak az előkészítő iratokat és a határozatokat gépelik le. Így fennáll az a veszély, hogy a jövő kutatói nem ismerhetik meg a résztvevők álláspontját, a határozatok meghozatalának körülményeit, a vita menetét, hanem csak a testület döntéseit.

Az 1949-es reform okozta változások egyre nagyobb feladatokat róttak az egyetem vezetésére. Szükségessé vált az Egyetemi Tanács tehermentesítésére egy olyan testület létrehozása, amely előkészíti a feladatok végrehajtását. 1951-től tartottak rektori értekezleteket, amelyeknek megjelölésére 1954/55-ös évtől kezdve használták a Rektori Tanács elnevezést. Gyakran havonta kétszer is tartottak ülést. A testület tagjai: a rektor, rektorhelyettes(ek), dékánok és „ad hoc˝ meghívottak. A Rektori Tanács 1990-ben megszűnt.
Az ülések jegyzőkönyvei mellett megtaláljuk az előkészítő anyagot, az írásos mellékleteket, határozatokat. A kötetek tagolása változó, csupán időrendben követik egymást. Minden kötet elején kronológikus és betűrendes mutató található, ezek segítségével kutatásuk egyszerű. Több kötetből két, illetve három példány is készült. A dobozokban lévő anyag megegyezik a bekötöttel.

Az állag anyaga csak az 1944/45-ös tanévtől tekinthető jelentősebb forrásnak, a megelőző évekből csak szórványosan maradt meg néhány irat. Az 1919-1921 közötti anyag egy része, szerencsés véletlen folytán, éppen a Munkásmozgalmi Intézetben volt az Országos Levéltárba történő szállítás idején. A MMI-ből később hiányosan ugyan, de bekerült a Levéltárba. Az 1944-1950 közötti anyag sem teljes, hiánytalannak az 1951/52-es tanévtől mondható. Az iratok iktatása 1951. december 30-ig az Egyetemen alkalmazott módon, tanévenként sorszámosan történt. 1952-1957 között csoportszámos iktatást alkalmaztak. 1957. január 1-től visszatértek a sorszámos iktatásra, de már nem tanévek, hanem naptári évek szerint. Az iktatókönyvek 1935-től, a mutatókönyvek 1944/45-től maradtak meg. Az 1944 előtti anyag utólag készített index segítségével kutatható.
Az 1950 után a Rektori Hivatalban bevezetett szervezeti változások következtében az iktatott iratok kezelése is megváltozott. A Hivatalban központi iktatás folyt. Iktatás után az irat arra az osztályra került, amelynek feladatkörébe tartozott az ügy intézése. Az iktatókönyvbe be is jegyezték, hogy az anyagot hová továbbították, a visszahelyezése azonban nem mindig történt meg. Ez a központilag iktatott anyag megbontását idézte elő. Sok irat került a Személyzeti Osztályra, illetve a Tudományos Csoporthoz, amely témánként gyűjtötte az anyagot. Különösen érvényes ez az 1960-1970 közötti évekre, amikor az iratmennyiség is tetemesen felduzzadt. Ebben az időszakban legcélszerűbb témák szerint kutatni, ahogy az anyag jelenlegi rendezésében található.
Az állagon belül külön sorozatot képez a háború pusztításai után megmaradt 8 doboznyi égett irat. Az anyag rossz állapota miatt nem kutatható. Szintén külön egységet képez az alapítványi okiratok sorozat, itt található többek között Pázmány Péter alapítólevele, a Mária Terézia által kiadott Diploma Inaugurale stb. Itt nyertek elhelyezést a különféle pályamunkák díjazására tett alapítványok, valamint egyéb másolatok /pl.: a Diploma Inaugurale-ról, az egyetem birtokairól stb./ Az iratok nyelve latin, német és magyar.

Az állag részletes információkat nyújt az egyetem oktatóinak különböző típusú külföldi útjairól (ösztöndíjas tanulmányutak, rövidebb tanulmányutak, nemzetközi kongresszusokon való részvétel). A mennyiségi fejlődést a 23. dobozban található „utazási grafikon” érzékelteti, a minőségi jellemzőket az 1967. évi egyetemi, illetve az 1970. évi havi összefoglalók világítják meg a legátfogóbban. A kiutazók munkaprogramjai eléggé formálisak. Az útijelentések csak az 1970. évtől találhatók meg összegyűjtve rendszerezve, a korábbi évekből csak véletlenszerűen fordul elő egy-egy. Többnyire a kutatási, illetve konzultációs témák általánosságban való megjelölését, az útvonal és a vendéglátás rövid jellemzését nyújtják, bár a TTK jelentései szakmai tevékenységről is részletesen szót ejtenek. A nyugati utakról készült jelentések általában a többieknél is alaposabbak. Különösen részletesek a hallgatói cseregyakorlatok lebonyolítására vonatkozó iratok és beszámolók, számos kritikai megjegyzéssel. A külföldi vendégek magyarországi útjaival kapcsolatban inkább csak az út adminisztratív-anyagi lebonyolításával kapcsolatos iratok állnak rendelkezésre. A „nem iktatott iratok” üdvözleteket, meghívókat, információkéréseket tartalmaznak. Az 1972 után keletkezett iratok döntő többsége útijelentés.

A Rektori Hivatalban az 1950-es évektől meghatározott ügyek intézése az oktatási és tudományos rektorhelyettesek hatáskörébe tartozott. Segítségükre volt 1950-től az Oktatási Osztály, 1963-tól az ezen belül alakult Tudományos Csoport. Az iratokat külön kezelték és témák szerint gyűjtötték. Egy részük a központi iktatókönyvből kapott számot, de mivel sok melléklet tartozott hozzá, nem került az iktatott sorozatba. Az 1950-es években olyan nagy mennyiségű anyag gyűlt össze, hogy nem iktatták, hanem a már eddig, témák szerint gyűjtött anyaghoz rakták. 1970-ben a Csoport kettévált, munkája a Külföldi Kapcsolatok Osztálya és a Tudományszervezési Osztály között oszlott meg.
Ebben az állagban találhatók: a Tudományos Felsőoktatási Tanács, a Felsőoktatási Pedagógiai Kutatócsoport, a Tudományos Kutatások Fejlesztési Alapja működésével kapcsolatos iratok, a tanszéki kutatási tervek, témalapok, beszámoló jelentések, kimutatások.
Az állag jelentős részét a költségvetésen kívüli munkák iratai alkotják. Az 1980-as évek közepétől az egyetemnek lehetősége nyílt az Országos Tudományos Kutatási Alap minisztériumok és a Magyar Tudományos Akadémiával való együttműködés révén pályázati pénzek elnyerésével finanszírozni a kutatásokat. Az állag az egyetemi évkönyvekre vonatkozó iratokat is magába foglalja. (1968-1991). Említést érdemelnek még a szabadalmi ügyek aktái. (1976-1985).

A tudományos fokozat, azaz doktori cím az egyetemen megszerezhető ismeretanyag elsajátításának és az ehhez kapcsolódó, a tudomány területén végzett kutatás elvégzésének az igazolására szolgáló titulus. Az egyetem a megalakulástól kezdve adományozott doktori fokozatot az arra érdemesnek ítélt hallgatóinak, de 1949-ben – szovjet mintára – megvonták az egyetemtől ezt a jogot, és a Magyar Tudományos Akadémiának adták át. Bár az 1950-es években az egyetem visszakapta a doktori cím adományozásának lehetőségét, azonban ez nem minősült tudományos fokozatnak. Magyarországon az egyetemi diploma után az elsőként megszerezhető fokozat az egyetemi doktori (közkeletű néven „kisdoktori”), illetve 1984-től a „dr. univ.” volt. Ettől függetlenül szerezhető volt, de az esetek döntő többségében a dr. univ. címet követte az MTA Tudományos Minősítő Bizottsága által adott kandidátusi fokozat (CSc.). A kandidátusi címmel rendelkező személy a tudományok doktora (DSc.; az ún. „nagydoktori”) címet szerezhette meg.
Magyarországon 1993-ban vezették be fokozatosan, a megváltozott és egységesülő európai, illetve az akkor már közel egy évszázada alkalmazott amerikai szokásnak megfelelően a PhD-t. (Ezzel együtt kandidátusi fokozat elnyerésére utoljára 1997-ben lehetett jelentkezni, a folyamatban lévő ügyek a rákövetkező egy-két évben lezárultak.) A jelenlegi magyarországi tudományos minősítés háromosztatú, és immáron Európában szinte példa nélküli rendszerként ötvözi az angolszász, a német és a szovjet tudományos minősítéseket. A kisdoktori és a kandidátusi összeolvadásából létrejött a PhD, amellyel szemben az angolszász országokban, minthogy az egyetlen tudományos fokozatról van szó, a legkomolyabb minőségi elvárásokat támasztják.
A szovjet típusú tudományos minősítő rendszer eltűnésével szinkronban, a 1990-es évek közepén Magyarországon újra bevezették a habilitációt, amely bevett tudományos minősítés volt a szocialista éra előtt. Ez képezi a rendszer második elemét, amely a gyakorlatban csupán az MTA kutatóintézeteiben dolgozók számára nem szükséges, minthogy a habilitáció eredetileg az oktatás minőségét vizsgálja, és a kutatóintézetekben oktatás nem folyik.
A rendszer harmadik eleme az MTA doktora cím, amely teljességgel megegyezik a korábbi, szovjet típusú rendszer "tudományok doktora" minősítésével, csupán immáron nem tudományos fokozatnak, hanem címnek minősül.

Az állagban az egyetem éves tervjavaslatai (kari előkészítő anyagokkal), a gazdasági vezetés munkájáról készült jelentés, a TTK új elhelyezésével kapcsolatos iratok, az egyetem távlati terve (1964-80), valamint költségvetési előirányzatok találhatók.

A fegyelmi ügyek két nagyobb részre bonthatók. A tanári fegyelmi ügyek évenként rendezve találhatók meg, a hallgatók fegyelmi ügyei pedig évrendben és karonkénti bontásban.

A bizalmasan kezelt iratok köre kiterjed gazdasági, oktatáspolitikai és az egyetem oktatóit, illetve hallgatóit érintő személyi ügyekre, melyek részben az egyetem keretén belül, részben a minisztériummal való levelezés útján nyertek elintézést.

Ebben az állagban a Rektori Hivatal iktatószám (és kis részben dátum) nélkül különböző témájú iratai találhatók. Az állag első tétele az 1773-ban, a jezsuita rend feloszlatása idején készített egyetemi leltár (Inventarium seu conscriptio collegii suppressa Societatis Jesu Tyrnaviensis). Az iratok között gazdasági ügyekre (pl. alapítványok), egyetemi alkalmazottakra, hallgatókra, tanulmányi ügyekre (vizsgajelentések, felvételik, fellebbezések stb.) kiemelkedő jelentőségű évfordulók megünneplésére, külföldi kapcsolatokra, látogatásokra, jegyzet- és tanulmányügyekre vonatkozó iratok vannak.