Ebben az állagban a Rektori Hivatal iktatószám (és kis részben dátum) nélkül különböző témájú iratai találhatók. Az állag első tétele az 1773-ban, a jezsuita rend feloszlatása idején készített egyetemi leltár (Inventarium seu conscriptio collegii suppressa Societatis Jesu Tyrnaviensis). Az iratok között gazdasági ügyekre (pl. alapítványok), egyetemi alkalmazottakra, hallgatókra, tanulmányi ügyekre (vizsgajelentések, felvételik, fellebbezések stb.) kiemelkedő jelentőségű évfordulók megünneplésére, külföldi kapcsolatokra, látogatásokra, jegyzet- és tanulmányügyekre vonatkozó iratok vannak.

Az állag anyaga csak az 1944/45-ös tanévtől tekinthető jelentősebb forrásnak, a megelőző évekből csak szórványosan maradt meg néhány irat. Az 1919-1921 közötti anyag egy része, szerencsés véletlen folytán, éppen a Munkásmozgalmi Intézetben volt az Országos Levéltárba történő szállítás idején. A MMI-ből később hiányosan ugyan, de bekerült a Levéltárba. Az 1944-1950 közötti anyag sem teljes, hiánytalannak az 1951/52-es tanévtől mondható. Az iratok iktatása 1951. december 30-ig az Egyetemen alkalmazott módon, tanévenként sorszámosan történt. 1952-1957 között csoportszámos iktatást alkalmaztak. 1957. január 1-től visszatértek a sorszámos iktatásra, de már nem tanévek, hanem naptári évek szerint. Az iktatókönyvek 1935-től, a mutatókönyvek 1944/45-től maradtak meg. Az 1944 előtti anyag utólag készített index segítségével kutatható.
Az 1950 után a Rektori Hivatalban bevezetett szervezeti változások következtében az iktatott iratok kezelése is megváltozott. A Hivatalban központi iktatás folyt. Iktatás után az irat arra az osztályra került, amelynek feladatkörébe tartozott az ügy intézése. Az iktatókönyvbe be is jegyezték, hogy az anyagot hová továbbították, a visszahelyezése azonban nem mindig történt meg. Ez a központilag iktatott anyag megbontását idézte elő. Sok irat került a Személyzeti Osztályra, illetve a Tudományos Csoporthoz, amely témánként gyűjtötte az anyagot. Különösen érvényes ez az 1960-1970 közötti évekre, amikor az iratmennyiség is tetemesen felduzzadt. Ebben az időszakban legcélszerűbb témák szerint kutatni, ahogy az anyag jelenlegi rendezésében található.
Az állagon belül külön sorozatot képez a háború pusztításai után megmaradt 8 doboznyi égett irat. Az anyag rossz állapota miatt nem kutatható. Szintén külön egységet képez az alapítványi okiratok sorozat, itt található többek között Pázmány Péter alapítólevele, a Mária Terézia által kiadott Diploma Inaugurale stb. Itt nyertek elhelyezést a különféle pályamunkák díjazására tett alapítványok, valamint egyéb másolatok /pl.: a Diploma Inaugurale-ról, az egyetem birtokairól stb./ Az iratok nyelve latin, német és magyar.

Az 1949-es reform okozta változások egyre nagyobb feladatokat róttak az egyetem vezetésére. Szükségessé vált az Egyetemi Tanács tehermentesítésére egy olyan testület létrehozása, amely előkészíti a feladatok végrehajtását. 1951-től tartottak rektori értekezleteket, amelyeknek megjelölésére 1954/55-ös évtől kezdve használták a Rektori Tanács elnevezést. Gyakran havonta kétszer is tartottak ülést. A testület tagjai: a rektor, rektorhelyettes(ek), dékánok és „ad hoc˝ meghívottak. A Rektori Tanács 1990-ben megszűnt.
Az ülések jegyzőkönyvei mellett megtaláljuk az előkészítő anyagot, az írásos mellékleteket, határozatokat. A kötetek tagolása változó, csupán időrendben követik egymást. Minden kötet elején kronológikus és betűrendes mutató található, ezek segítségével kutatásuk egyszerű. Több kötetből két, illetve három példány is készült. A dobozokban lévő anyag megegyezik a bekötöttel.

Mária Terézia 1770. október 24-i elhatározásával - míg az egyetemi magistratus megszervezhetővé válik - királyi egyetemi consistoriumot (Regium Consistorium Universitatis) állított fel. A testület kinevezett elnökből, a négy kar és az egyetemi gimnázium igazgatójából állt. Működését az 1770/71. tanévben kezdte meg. A consistorium mellett a Magistratus Academicus is létezett, kezdetben igen korlátozott hatáskörrel. Tagja a négy kar választott dékánja, továbbá a kinevezett kancellár volt. 1784-től az egyetemi ügyek közvetlen vitele csak erre a testületre tartozott. A későbbiekben a elnöke a rektor, tagjai a jegyző, valamint a kari dékánok és prodékánok voltak. 1950 után lényegesen bővült az Egyetemi Tanács összetétele tanárokkal és különféle társadalmi szervezetek képviselőivel. A fennmaradt első 1940/41-es tanévi kötetben még havi egy üléssel találkozunk, az ötvenes évek közepétől évente 4-5 ülésre került sor.
Az 1946/47-es tanévtől hiánytalan a sorozat. 1952-től az elhangzott hozzászólásokat nem a jegyzőkönyvi szövegben találjuk, hanem a mellékletként mintegy 20 dobozt megtöltő külön sorozatban. Az ezekben található anyag lényegileg megegyezik a jegyzőkönyveikkel, az iratok darabonkénti átnézéssel kutathatók. Az 1971/72-es tanévtől annyiban változik a helyzet, hogy a mellékleteket is tartalmazzák a jegyzőkönyvek. A köteteket lapszámozással, esetenként tárgy-, illetve névmutatókkal látták el. Az 1990 utáni időszakban a tanácsülésekről már csak hangszalagok készülnek s csak az előkészítő iratokat és a határozatokat gépelik le. Így fennáll az a veszély, hogy a jövő kutatói nem ismerhetik meg a résztvevők álláspontját, a határozatok meghozatalának körülményeit, a vita menetét, hanem csak a testület döntéseit.

A Dékáni Hivatal funkcióit két szerv vette át. A Tanulmányi Osztály a tanulmányi ügyek intézését végzi, iratanyaga csekély forrásértékű. A Dékáni Titkárság a legfontosabb, elvi jelentőségű ügyeket intézi. Az iratok évenként, sorszámosan iktatottak. Az anyag mutatókötetei az első két évből (1971, 1972) hiányzanak.

Az állagban a szigorlati törzskönyvek (1950-1952) évenkénti bontásban a szigorlatok és az államvizsgák eredményeit tartalmazzák. A tanulmányi lapok és az oklevélmásolatok tanévenként, ezen belül szakonként és szakpáronként betűrendben tartalmazzák a hallgatók személyi és tanulmányi adatait. Az anyag egy részéhez (1949/50, 1951/52-1955/56) hallgatói névmutatók állnak rendelkezésre.