II. József 1786. december 12-én adta ki az egyetemi orvosi kar állatgyógyászati tanszékének alapításáról szóló rendeletét. A Helytartótanács ennek alapján részletezte az új intézmény létrehozásának teendőit 1787. február 6-án. Az oktatás ugyanazon év nyarán kezdődött meg. Eleinte még a képzéshez szükséges eszközök is hiányoztak, ezeket Tolnay Sándornak (1747–1818), a tanszék első vezetőjének csak hosszú évek munkájával sikerült beszereznie. A század végén a tanszék mellett állatgyógyintézet létesült. Az itt dolgozók klinikai gyakorlatot végeztek, valamint kovácsmesteri és alapvető állatorvosi tanfolyamokat tartottak. A tanszék és az intézet egészen 1851-ig változatlan formában működött, dacára a reformterveknek és javaslatoknak.
Ha összehasonlítjuk a fond és az akkori tudományegyetem más tanszékeinek gyűjteményét, megállapíthatjuk, hogy a 19. század közepéig ez az egyik legnagyobb mennyiségben megmaradt iratanyagunk. Igaz: az egyetem központi hivatalainak korabeli hagyatéka sokkal gazdagabb.
A fond iratanyagát három tematikus állagra bontottuk, továbbá egy-egy különálló gyűjteményből két újabb állagot hoztunk létre.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 31.]

Az akadémiai és főiskolai évtizedekből hiánytalanul fennmaradt jegyzőkönyvsorozat elsődleges forrása a korszak megismerésének, már csak azért is, mert az egyéb iratanyag hézagos. A mindenkori titkár még az 1930-as években is kézírással vezette a jegyzőkönyveket. A köteteket teleírta, vagyis nem kezdett újat minden egyes tanév elején. A szenátus nemcsak az intézet legfontosabb ügyeivel foglalkozott az üléseken, hanem a tanszékek betöltésével, a hallgatók ösztöndíjával és egyéb ügyekkel is. A jegyzőkönyveket egyenkénti átnézéssel kutathatjuk. Az alábbiakban az egyes példányokban található első és utolsó tanácsülés pontos dátumát közöljük.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 39–40.]

Az állagot a korszaknak azokból az irataiból állítottuk össze, amelyeket nem sorolhattunk az előző kettőbe.

A sorozat nem teljes. A jegyzőkönyvek nagy részét más levéltárak őrzik.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 48.]

Az iratanyag nem károsodott jelentősen, az irattári segédletek pedig hiánytalanul maradtak fenn, így az 1951-ig sorszámosan iktatott iratokat könnyedén kutathatjuk. A hivatal 1952-ben tért át az akkor már országszerte kötelező csoportszámos módszerre. Az iratokat a csoportszámok és az alszámok növekvő sorrendjében raktuk dobozba. Mellettük hagytuk az iktatólapokat kutatási segédletként.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 48–50.]

Intézményünk 2016. július 1-én vált ki a Szent István Egyetemből, így visszanyerte 2000 előtti függetlenségét. Fenntartónk 2016 és 2020 között az Emberi Erőforrások Minisztériuma volt, gazdálkodásunkat kancellár felügyelte. 2020. augusztus 1-től a Marek József Alapítvány biztosítja működésünket, a kancellári rendszer pedig megszűnt.
A fondra jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak k kutatható.