Intézményünk 1890-ben akadémiai, 1899-ben pedig főiskolai rangra emelkedett. Az ezután következő, az 1934. évi újabb átalakításig tartó időszakot tartjuk a magyar állatorvostörténet aranykorának a lendületes fejlődés miatt, melyet az I. világháború és az azt követő bizonytalanságok sem törtek meg. A főiskola oktatói, kutatói számos találmányt szabadalmaztattak, számos felfedezést és tudományos művet tettek közzé, így az alma maternek külföldön is híre ment. Ezek az évtizedek összefonódtak a tudósként és szervezőként is kiváló Hutӱra Ferenc 1899-től 1931-ig tartó rektorságával. A Marek Józseffel közösen jegyzett és több idegen nyelvre lefordított Állatorvosi belgyógyászata a 20. század első felében tananyaggá vált a világ valamennyi állatorvosokat képző intézetében.
A fond 1920 után keletkezett anyagára jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak részben kutatható.

A sebészet az állatorvosképzés kezdetétől alapvető tantárgy. Bár Varga Ferenc (1835 – 1898) 1870-ben tanszéket alapított szakterületének, az igazi fejlődés csak azután vette kezdetét, hogy az állatgyógyintézet 1881-ben mai helyére, a Rottenbiller utcai campusra (ma VII. kerület, István utca 2.) költözött. Itt ugyanis volt elég hely és megfelelő felszerelés a sebészeti klinika kialakítására, ahol a hallgatók elsajátíthatták a szükséges gyakorlatot. A klinikai munkával az addig inkább kézműves mesterségnek tekintett sebgyógyászat az állatorvoslásban is modern tudományággá fejlődhetett.
Sem a tanszék, sem a klinika eredeti iratanyaga nem maradt fenn. A fond első két állaga a páciens állatok adatait rögzítő naplókat tartalmazza, valamint azoknak a kórlapoknak a darabjait, melyeket a hallgatók készítettek. Az 1–6. fondban a sebészeti oktatás és a klinika további iratait találhatjuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 97.]

A bakteriológia a 19. század második felében jött létre. Segítségével korábban rejtélyes és gyilkos fertőzések váltak végre kiismerhetővé. Immáron hatékony intézkedéseikkel az orvosok csökkenthették a kolerajárványok áldozatainak számát, s védőoltást dolgoztak ki olyan rettegett kórok ellen, mint a pestis vagy a torokgyík. Az új eredmények felhasználásával később a vírusokat is felfedezhették.
Hazánk sem óhajtott kimaradni az orvostudomány forradalmából. A Magyar Királyi Állami Bakteriológiai Intézet 1891 őszén nyílt meg. Mivel mind az oktatásban, mind a közegészségügy korszerűsítésében szorosan együttműködött az állatorvosképzéssel, 1908-ban az Állatorvosi Főiskola részévé vált. Itt különálló szervezeti egységként működött 1933 nyaráig, amikor egyesült a Járványtani Intézettel.
Az 1892 és 1899 közötti évek anyaga hiányos, az 1902., az 1928. és az 1929. év iratai pedig elvesztek. A többi év dokumentumai azonban csaknem hiánytalanul maradtak fenn. Az intézet fennhatósága a történeti Magyarország egészére terjedt ki, így a fond a trianoni békeszerződésben elcsatolt megyék és városok közegészségügyének múltjáról is őriz adatokat.
A gyűjtemény jórészt állategészségügyi vizsgálatok felkéréseiből és jelentéseiből áll. Az, hogy az intézet az I. világháború előtt élte virágkorát, majd veszített jelentőségéből, az ügyiratok forgalmának alakulásán is megfigyelhető: számuk 1900 és 1915 között csaknem megnégyszereződött, aztán csökkent.
Az intézet sorszámosan iktatta beérkező iratait. Az 1892-ben, illetve az 1922 és 1928 között keletkezett iktatókönyvek hiányoznak, a meglévők használata pedig nehézkes, mivel index nem készült hozzájuk. A kimenő iratok korabeli másolatkönyveinek 1900 és 1916 közötti részét szintén meglelhetjük a fondban.
Az anyagot nem tagoltuk állagokra. Az iratokat egyenkénti átnézéssel, valamint az iktatókönyvek segítségével kutathatjuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára. Repertórium (1741) 1787-1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 85-89.

A tanszék iratai 1964-től folyamatosan megvannak, s a segédkönyvek is fennmaradtak, a fondnak ez az állaga jól kutatható. Az ezt megelőző időszakból csak iktatás nélküli iratok maradtak ránk, ezek a b. állagban nyertek elhelyezést, ahol munkatervek, kari tanácsülési jegyzőkönyvek, oktatási tematikák, a jegyzetügyekre és a nemzetközi kapcsolatokra vonatkozó iratok is megtalálhatók. Az állag egyenkénti átnézéssel kutatható.