A zoológiai gyűjtemény alapját Habsburg Mária Anna főhercegnő természetrajzi gyűjteménye vetette meg. A gyűjteményt Piller Mátyás (1733-1788) rendezte és gyarapította. Mivel az állattant eredetileg az Orvosi Karon oktatták, a gyűjteményt is ott helyezték el. Az 1830. évi egyetemi almanach szerint a zoológiai és ásványtani gyűjtemény egy közös természetrajzi múzeumot alkotott. 1850-től azonban a zoológia oktatása átkerült a Bölcsészettudományi Karhoz. 1860-tól Állattani Gyűjtemény volt a neve, majd 1863-tól Állattani és Állatboncztani Intézetnek és Gyűjteménynek nevezték. 1886-ban a Múzeum krt. 4. szám alatti épületben kapott elhelyezést. 1862-től Margó Tivadar volt a zoológia tanára, aki a gyűjteményt is világszínvonalúvá fejlesztette. A második világháborúban jelentős károkat szenvedett. 2002-ben költözött a gyűjtemény az ELTE Lágymányosi kampuszára, ahol a C épület üvegpiramisában látható.
Az állagban nagyrészt a múzeum leltárai találhatóak meg.

Az alkalmazottak törzskönyvei a kert dolgozóinak személyi és szolgálatai adatait tartalmazzák. A napszámosok nyilvántartása a be- és kilépések időpontjait közli, a napszámkönyv és a kertészsegédek bérkimutatásai a munkaidők és a kifizetett bérek jegyzéke.

A hallgatóknak segélykérés esetén nyomtatványt kellett ki­tölteniük. A segélykérőlap a folyamodó személyi adatait, tanulmányi előmenetelét, a kérés okát és indokát, pozitív elbí­rálás esetén a kiutalt összeget tartalmazza. Az állag év- és betűrendezett. Az anyag egyenkénti átnézéssel kutatható.

A vizsgára jelentkezők beadványainak és a vizsgáztatás menetének tanévenkénti időrendi nyilvántartókönyvei.

Az állagban a kolozsvári, a debreceni és a szegedi egyetemek tanárvizsgáló bizottságai tanácsülési jegyzőkönyveinek 1910 és 1931 közötti töredéke, a budapesti bizottság tanácsüléseinek 1921-től 1942-ig terjedő viszonylag teljes anyaga, valamint az 1941 és 1946 közötti vizsgajegyzőkönyvek összesítései találhatók.

Az állag az 1931/32. tanévtől tartalmazza a Diákjóléti Iro­da iktatott iratait, melyek közül az 1932/33, 1936/37, 1943/44-­es tanévekben keletkezettek hiányzanak. 1944 után a Diákjóléti Bizottság néhány jegyzőkönyve maradt csak ránk.