Az állag anyaga csak az 1944/45-ös tanévtől tekinthető jelentősebb forrásnak, a megelőző évekből csak szórványosan maradt meg néhány irat. Az 1919-1921 közötti anyag egy része, szerencsés véletlen folytán, éppen a Munkásmozgalmi Intézetben volt az Országos Levéltárba történő szállítás idején. A MMI-ből később hiányosan ugyan, de bekerült a Levéltárba. Az 1944-1950 közötti anyag sem teljes, hiánytalannak az 1951/52-es tanévtől mondható. Az iratok iktatása 1951. december 30-ig az Egyetemen alkalmazott módon, tanévenként sorszámosan történt. 1952-1957 között csoportszámos iktatást alkalmaztak. 1957. január 1-től visszatértek a sorszámos iktatásra, de már nem tanévek, hanem naptári évek szerint. Az iktatókönyvek 1935-től, a mutatókönyvek 1944/45-től maradtak meg. Az 1944 előtti anyag utólag készített index segítségével kutatható.
Az 1950 után a Rektori Hivatalban bevezetett szervezeti változások következtében az iktatott iratok kezelése is megváltozott. A Hivatalban központi iktatás folyt. Iktatás után az irat arra az osztályra került, amelynek feladatkörébe tartozott az ügy intézése. Az iktatókönyvbe be is jegyezték, hogy az anyagot hová továbbították, a visszahelyezése azonban nem mindig történt meg. Ez a központilag iktatott anyag megbontását idézte elő. Sok irat került a Személyzeti Osztályra, illetve a Tudományos Csoporthoz, amely témánként gyűjtötte az anyagot. Különösen érvényes ez az 1960-1970 közötti évekre, amikor az iratmennyiség is tetemesen felduzzadt. Ebben az időszakban legcélszerűbb témák szerint kutatni, ahogy az anyag jelenlegi rendezésében található.
Az állagon belül külön sorozatot képez a háború pusztításai után megmaradt 8 doboznyi égett irat. Az anyag rossz állapota miatt nem kutatható. Szintén külön egységet képez az alapítványi okiratok sorozat, itt található többek között Pázmány Péter alapítólevele, a Mária Terézia által kiadott Diploma Inaugurale stb. Itt nyertek elhelyezést a különféle pályamunkák díjazására tett alapítványok, valamint egyéb másolatok /pl.: a Diploma Inaugurale-ról, az egyetem birtokairól stb./ Az iratok nyelve latin, német és magyar.

A tandíjak beszedése és kezelése a Quaestura feladata volt, nyilvántartásukra rendszeresítették a beiratkozási díjnaplót. Tanévenként vezették, sorszámozva, a hallgatók beiratkozásának időrendjében. Tartalmazza a hallgatók nevét, fakultását, a befizetett díj összegét.
A pénztári főnaplók részletes kimutatásokat adnak az oktatóknak, a hallgatóknak és az alkalmazottaknak kifizetett összegekről. Minden hónap végén lezárták és összesítést készítettek. Egy kötet három-négy tanév anyagát tartalmazza. A sorozat nem teljes, 1907/08-1932/33-ig hiánytalan, a következő kötet már az 1947/ 48-as tanévből származik.

Az Orvosi Kar keretein belül 1887-től működött a Klinikai Bizottság, amely a klinikák anyagi szükségleteivel foglalkozott. Ebben az állagban az 1931 és 1944 között kissé hiányosan, 1946 és 1949 között pedig töredékesen fennmaradt ülésjegyzőkönyve­k találhatók. További iratai a központi szervek iratanyagá­ban, illetőleg a SOTE levéltárában találhatók. Az anyag egyen­kénti átnézéssel kutatható.