2000. január 1-én jött létre a Szent István Egyetem a korábbi gödöllői Agrártudományi Egyetem átalakításával, valamint az Állatorvostudományi Egyetem, a Kertészeti és Élelmiszeripari Egyetem, a Jászberényi Tanítóképző Főiskola és az Ybl Miklós Műszaki Főiskola összevonásával. Az univerzitás tehát jellegükben és céljaikban különböző intézményeket fogott össze. Szervezete többször is változott, egyes karok kiváltak, majd helyükre mások léptek.
      Mivel csatlakozásával az Állatorvostudományi Egyetem elveszítette önállóságát, s egyetemi karrá vált, vezetőségünk ebben az időszakban dékánokból és dékánhelyettesekből állt, a szenátus gyűlései pedig kari tanácsülésekké alakultak. Legfontosabb döntéseinkhez a gödöllői székhelyen összeülő rektori tanács jóváhagyására volt szükségünk, ügyeink intézéséhez pedig az ugyanott működő Rektori Hivatallal kellett egyeztetnünk.
      Önállóságunkat 2016. július 1-én kaptuk vissza.
      A teljesség kedvéért a korszak leendő kutatóinak a Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem levéltárának iratait is érdemes lesz áttekinteniük.
      A fondra jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.

Kommunista egyetemi csoport már az 1947/1948. tanévben kialakult öt hallgatóval és egy oktatóval. A következő években folyamatosan toborozta tagjait, 1953-tól az akkor létrejövő Marxizmus-Leninizmus Tanszék támogatásával. Az 1956-os forradalom napjaiban széthullott.
1957 őszétől a Magyar Szocialista Munkáspárt új politikai szervezetet kezdett kiépíteni egyetemünkön. Tagjai lehettek hallgatók, oktatók és dolgozók egyaránt. A szervezet a párt létszámának gyarapítására és az ideológiai-politikai nevelésre törekedett. Tevékenységéhez sok segítséget kapott az MSZMP Budapesti VII. kerületi Pártbizottságától. Szoros kapcsolatot épített ki a Kommunista Ifjúsági Szövetségnek (KISZ) az Állatorvostudományi Egyetemen létrehozott egységével. 1981-ben rendszeresítette a hallgatókat felügyelő nevelőtanárok munkáját.
Felhívjuk kutatóink figyelmét, hogy a fond anyagára jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.

A könyvtár iratait eleinte az Igazgatói, később Dékáni Hivatal iktatta, ezeket az 1–5. fondban találhatjuk meg. Bár a könyvtárnak 1951 óta van saját iktatása, a korábbi évekből is maradtak ránk fontos iratok – igaz, töredékesen. Ilyenek például az 1922 és 1935 közötti évek összefoglaló statisztikai jelentései, valamint a könyvtári anyag gyarapításaival és a nemzetközi kapcsolatokkal foglalkozó anyagok. Az állag az 1936 és 1946 közötti időből csak néhány egyedi iratot tartalmaz, ám az 1950-es évektől már hiánytalan a sorozat. A dokumentumok 1952 és 1956 között csoportszámos, majd sorszámos iktatásúak.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 82–83.]

Levéltárunk 1986 óta működik. Eleinte az 1984 és 2016 közötti egyetemtörténeti kiállítás helyiségében tároltuk az iratokat, a tárlók alatti szekrényekben. A korszerű követelményeknek inkább megfelelő raktárhelyiségbe 2010-ben költöztethettük a gyűjteményt.

A fond az egyetem oktatóinak és dolgozóinak 1989 előtti munkaügyi nyilvántartásait, iratait őrzi.
A fond anyagára jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.

Az egyetem dolgozói a Mezőgazdasági és Erdészeti Dolgozók Szakszervezetének (MEDOSZ) tagjai voltak. A szocializmus korának sajátossága volt, hogy a szakszervezet nemcsak érdekvédelemmel, hanem politikai tevékenységgel is foglalkozott, sőt a tagok kulturális, akkoriban népművelődésnek nevezett időtöltését is szervezte.
A fond anyagára jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[200 éves a magyar állatorvosi felsőoktatás. 1787–1987. Szerk. Holló Ferenc. Bp. 1987. 127.]

Akárcsak az előző, úgy ez a fond sem követi a hazai állatorvosképzés történetét, hanem egységesen tartalmazza a különféle típusú tanulmányi nyilvántartásokat. Az állagok ezek szerint a típusok szerint tagolódnak.
A fond anyagának 1920 után keletkezett részére jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.

Aprónyomtatványaink nem a nyilvánosságnak, hanem az egyetem polgárainak és hozzátartozóiknak készülnek, tárgyuk pedig intézményünk rendezvényei, eseményei, az itt zajló élet. Ily módon bár sokszorosított kiadványok, egyedi és történeti értékű iratoknak számítanak, ezért levéltárunk külön fondban gyűjti őket.

A sebészet az állatorvosképzés kezdetétől alapvető tantárgy. Bár Varga Ferenc (1835 – 1898) 1870-ben tanszéket alapított szakterületének, az igazi fejlődés csak azután vette kezdetét, hogy az állatgyógyintézet 1881-ben mai helyére, a Rottenbiller utcai campusra (ma VII. kerület, István utca 2.) költözött. Itt ugyanis volt elég hely és megfelelő felszerelés a sebészeti klinika kialakítására, ahol a hallgatók elsajátíthatták a szükséges gyakorlatot. A klinikai munkával az addig inkább kézműves mesterségnek tekintett sebgyógyászat az állatorvoslásban is modern tudományággá fejlődhetett.
Sem a tanszék, sem a klinika eredeti iratanyaga nem maradt fenn. A fond első két állaga a páciens állatok adatait rögzítő naplókat tartalmazza, valamint azoknak a kórlapoknak a darabjait, melyeket a hallgatók készítettek. Az 1–6. fondban a sebészeti oktatás és a klinika további iratait találhatjuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 97.]

A hús- és tejhigiénia a 19. század végén került az állatorvosképzés tárgyai közé. Az előbbit Hutӱra Ferenc (1860–1934), Breuer Albert (1870–1930) és Semsey Géza (1894–1947), az utóbbit pedig Fettick Ottó (1875–1954) oktatta, akinek a munkáját 1905-től tejhigiéniai laboratórium segítette.
Már a 19. és 20. század fordulóján jogszabályok írták elő, hogy a hús és a tej forgalmazását állatorvosoknak kell ellenőrizniük. Ennek megfelelően a tanári kar szeretett volna külön szervezeti egységet létesíteni az élelmiszerhigiéniának. 1934-ben azonban főiskolánk a József Nádor Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem része lett, ahol nem volt lehetőség a terv megvalósítására, sőt a tejhigiéniai laboratórium is megszűnt. Így a tanszék csak jóval később, 1949-ben alakulhatott meg.
Mivel az utolsó iratok 1972-ben keletkeztek, a későbbi időszak iránt érdeklődő kutatóknak az 1 – 6. fondokat ajánljuk.
A fond 1920 után keletkezett részére jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[200 éves a magyar állatorvosi felsőoktatás. 1787–1987. Szerk. Holló Ferenc. Bp. 1987. 287–293.]