Gróf Leo von Thun-Hohenstein vallás- és oktatásügyi miniszter megreformálta a Habsburg-monarchia tartományainak oktatási rendszereit az 1850-es években. Ebből a magyar felsőoktatás, így az állatorvosképzés sem maradt ki. A korábbi tanszékből 1851. augusztus 10-én alakult meg az önálló állatorvosképző tanintézet. A képzés színvonala lecsökkent, hiszen a Pesti Állatgyógyintézet elveszítette korábbi egyetemi jellegét, a kormányzattól pedig nem kapott annyi támogatást, hogy utolérhesse a mintának tekintett bécsi állatorvosi iskola nívóját. Az oktatás hivatalos nyelve ugyan a német lett, de a magyart teljesen nem lehetett száműzni, hiszen a hallgatóság egy része csak ezt a nyelvet értette meg.
1875-ben, immáron a kiegyezés utáni kedvezőbb politikai körülmények között ismét átszervezték az intézményt, és 1890-ig Állatorvosi Tanintézetnek nevezték. Időközben a követelmények egyre magasabbak lettek, vagyis az intézet egyre értékesebb képesítést nyújtott.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 35.]

Az intézet tanári testületének üléseiről 1874-től maradtak ránk jegyzőkönyvek. Külön segédlet nem készült hozzájuk, így csak az időpont meghatározása alapján, egyenkénti átnézéssel kutathatjuk őket.

Ebbe az állagba az 1851 és 1890 közötti korszak egyéb iratait soroltuk.

A korszak iratanyaga igen hézagos, leginkább az 1920 és 1933 közötti. Ekkoriban az iratokat már előnyomott kísérőlapokon fogalmazták, s az ügyiratokat is abban tartották. Az iktatás a korszerű, alapszámos rendszerű volt, mégsem állíthattuk helyre az eredeti irattári rendet az anyag csekély mennyisége és az iktatókönyvek hiánya miatt, vagyis kénytelenek voltunk egyszerű számsorrendet kialakítani. A kevés nem iktatott vagy szám nélküli dokumentumot külön helyeztük el az egyes naptári évek végén. A kutatás csak szálankénti átnézéssel lehetséges. A korszakból jelentős mennyiségű miniszteriális anyagot őriz a Magyar Országos Levéltár, így azzal együtt kellő pontossággal tárhatjuk fel az intézet korabeli történetét.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 40–42.]

Intézményünk nem nyitott új kötetet 1934-ben, hanem a korábbi főiskolai tanácsülési jegyzőkönyvekhez fűzte az új osztályülési feljegyzéseket. Az 1940. május 22. utáni iratok elvesztek. A kutató a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem levéltárában is tájékozódhat a korszakról.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 43–44.]

Mindössze egy tanév jegyzőkönyvei maradtak fenn a Mezőgazdasági Osztály üléseiről.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 44.]

Bár a doktori disszertációkat ugyanúgy iktatta, mint a korszak többi iratát, a hozzájuk kapcsolt kéziratokat és bírálatokat a Dékáni Hivatal külön kezelte. A dokumentumok a doktoranduszok és doktorrá avatásuk információit is tartalmazzák. 1951-ben szűnt meg a doktori cím használata, így az avatások és a vizsgáztatások is befejeződtek. Az iratokat a doktorálás naptári éve szerint helyeztük el a dobozokban. Az anyagot egyenkénti átnézéssel kutathatjuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 50–51.]

Míg a korábbi időszak jegyzőkönyveit a többi irat közül kellett kiválogatnunk, az 1958/1959. tanévtől kezdve kötetbe rendezett sorozatokat vettünk át. 1956-ból egyetlen jegyzőkönyv sem maradt fenn, 1957-ből is csak nagyon kevés, kizárólag az év utolsó hónapjaiból. Az állagot egyenkénti átnézéssel kutathatjuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 53–54.]

Az állagra jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak k kutatható.