1944 második felében a keleti front egyre közelebb került az országhoz, majd a fővároshoz. Bár a háború korábban sem segítette intézményünk működését, az immáron hazánk területén is zajló hadműveletek egyenesen ellehetetlenítették azt. Súlyos károk keletkeztek a campus épületeiben, a hallgatók közül pedig oly sokaknak kellett bevonulniuk, hogy oktatásuk idővel abbamaradt.
Hogy mégse szűnjön meg teljesen az állatorvosképzés, ősszel a Vallás- és Közoktatásügyi Minisztérium úgy határozott, hogy a harmad- és negyedéves hallgatókat Bécsbe telepíti, s ott rövidített tanfolyamra íratja be őket. A tanári kar ugyan ellenezte az intézkedést, de véleményének kifejezésén túl egyebet nem tehetett. A bécsi tanfolyam 1944. december 14-től 1945. március végéig tartott. Négy katonai behívóval berendelt tanár: Csukás Zoltán (1900–1957), Hetzel Henrik (1875–1949), Kovács Gyula (1899–1987) és Sályi Gyula (1903–1982) oktatott 139 hallgatót. A háború után a kar csak akkor volt hajlandó elismerni ezeknek a hallgatóknak a féléveit, ha megismételték vizsgáikat.
1944 novemberében alakult meg az egyetemi Táncsics Mihály zászlóalj. Azokat a diákokat tömörítette, akik megtagadták az engedelmességet a megszálló német uralomnak és a nyilas hatalomnak. A szervezetbe állatorvostan-hallgatók is beléptek.
[forrás: 200 éves a magyar állatorvosi felsőoktatás. 1787–1987. Szerk. Holló Ferenc. Bp. 1987. 99.]

Kováts Jenő (1921–2010) életének jelentős részében állatorvosként dolgozott, leginkább Zala és Tolna megyében. Bár korábban is foglalkozott oktatással, az állatorvosképzésbe nyugdíjas éveiben kapcsolódott be rendszeresen. Intézményünkben higiéniát, tőgyegészségügyet, etikát és állatorvostörténetet tanított. Kiválóan beszélt több idegen nyelvet, ezért külföldi kapcsolatokat is létesített.
A fond anyagára jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.

Az iratanyag nem károsodott jelentősen, az irattári segédletek pedig hiánytalanul maradtak fenn, így az 1951-ig sorszámosan iktatott iratokat könnyedén kutathatjuk. A hivatal 1952-ben tért át az akkor már országszerte kötelező csoportszámos módszerre. Az iratokat a csoportszámok és az alszámok növekvő sorrendjében raktuk dobozba. Mellettük hagytuk az iktatólapokat kutatási segédletként.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 48–50.]

Az 1956-ig keletkezett kötetek a hallgatók összevont vizsganyilvántartásait is tartalmazzák. Az 1956 és 1966 közötti évekből nem maradtak fenn másolatok. Ezek az iratok másodlagos forrásértékűek, a hiányzó nyilvántartások pótlására alkalmasak.
Az állag 1920 után keletkezett részére jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 79.]

Az Agrártudományi Egyetem 1945-ben alakult meg. Szerkezete a József Nádor Egyeteméhez hasonlóan összetett volt. Mezőgazdaságtudományi kara négy osztályból állt: a budapestiből, a debreceniből, a keszthelyiből és a mosonmagyaróváriból. Ezek 1949-ben átmenetileg megszűntek, majd önálló intézményekként születtek újjá. A továbbiakban önálló karként működött a korábbi állatorvostudományi, valamint a kert- és szőlősgazdaságtudományi részleg. Az erdőgazdaságtudomány jogilag az 1946/1947-es tanévtől tartozott az egyetemhez, ám valójában nem valósult meg az átszervezés, hiszen 1949-ig létezett a műegyetem Bánya-, Kohó- és Erdőmérnöki Kara, így a soproniak időleges kapcsolódása csak 1950 és 1952 között lehetett érvényben.
1951-től már hét kara volt az Agrártudományi Egyetemnek: agronómiai, állattenyésztési, agrár-közgazdasági, gépesítési, állatorvostudományi, erdőgazdaságtudományi, valamint kert- és szőlőgazdaságtudományi. A hatalmas szervezetből 1952 és 1954 között vált ki az utolsó négy kar, majd önállósultak. Az állatorvostudományi kar az 1952/1953-as tanévet még az agráregyetemen belül kezdte meg, de októberben önálló főiskolává alakult.
A fond anyagára jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 47.]

Bár a doktori disszertációkat ugyanúgy iktatta, mint a korszak többi iratát, a hozzájuk kapcsolt kéziratokat és bírálatokat a Dékáni Hivatal külön kezelte. A dokumentumok a doktoranduszok és doktorrá avatásuk információit is tartalmazzák. 1951-ben szűnt meg a doktori cím használata, így az avatások és a vizsgáztatások is befejeződtek. Az iratokat a doktorálás naptári éve szerint helyeztük el a dobozokban. Az anyagot egyenkénti átnézéssel kutathatjuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 50–51.]

A jegyzőkönyvek hiánytalan és bekötött sorozata nem maradt fenn. Másolati példányaikat az iratok közül válogattuk ki. Az 1945/1946-os tanév jegyzőkönyvei egy kivételével hiányoznak, de 1947 elejétől csaknem teljes a sorozat. A hiányzó példányokat a Pest Megyei Levéltárban levő rektori hivatali iratok között találhatjuk meg. Az állagot az iratok egyenkénti átnézésével kutathatjuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 47–48.]

1949 után a Dékáni Hivatal egybekötötte a tanulmányi eredményeket tartalmazó anyakönyvi lapokat az évfolyamok, azokon belül pedig a hallgatók nevének betűrendi sorrendje szerint csoportosítva. Utoljára az 1951/1952. tanévben kezdőknél alkalmazta ezt a módszert, az ő adataikat az 1955/1956. tanévig rögzítik az iratok.
Az anyag könnyedén kutatható a hallgatók nevének és beiratkozásuk időpontjának ismeretében.
Az állagra jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 71.]

A sorozat nem teljes. A jegyzőkönyvek nagy részét más levéltárak őrzik.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 48.]