Akárcsak a többi fakultás, a Mezőgazdasági és Állatorvosi Kar is átvette a műegyetem iratkezelési rendjét. Az iratanyag jórészt elpusztult, de fennmaradtak a segédkönyvek, melyek segítik a kutatást. Az osztály legfontosabb ügyei eljutottak a Rektori Hivatalba, így a korszak kutatóinak érdemes a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem levéltárába is ellátogatniuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 44–45.]

Az iratanyag nem károsodott jelentősen, az irattári segédletek pedig hiánytalanul maradtak fenn, így az 1951-ig sorszámosan iktatott iratokat könnyedén kutathatjuk. A hivatal 1952-ben tért át az akkor már országszerte kötelező csoportszámos módszerre. Az iratokat a csoportszámok és az alszámok növekvő sorrendjében raktuk dobozba. Mellettük hagytuk az iktatólapokat kutatási segédletként.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 48–50.]

Iktatott iratok (vizsgálati felkérések, levelezés, vizsgálati jegyzőkönyvek és szakvélemények) csak 1914-től maradtak fenn. Az 1920 és 1935 közötti iratsorozat teljes, sőt az 1923 utáni iktatókönyvek is előkerültek. 1936-ban megszűnt az iktatás.
A második világháború utáni anyag csekély, az 1956. évi pedig hiányzik. Kevés az irat az intézet 1949 és 1959 közötti nemzetközi levelezéséről és kapcsolatairól.
A dokumentumok többségét csak egyenkénti átnézéssel, az 1924 és 1935 közöttieket iktatókönyvek segítségével kutathatjuk.
Az állag anyagának 1920 utáni részére jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 91–94.]

A társaság hivatalos iratain kívül főleg kongresszusi anyagokat, illetve előadások és cikkek kéziratait találhatjuk az állagban.
Az állag anyagának 1920 utáni részére jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 95–96.]

Az állag kötetei másolatokban és hiányosan maradtak fenn. Az 1939. június 15. utáni iratok elvesztek.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 44.]

Mindössze egy tanév jegyzőkönyvei maradtak fenn a Mezőgazdasági Osztály üléseiről.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 44.]

Az állag betegfelvételi naplókból áll. Ezekben az állatok tulajdonosának nevét és lakhelyét, a beteg állat leírását, illetve a kór megnevezését olvashatjuk a betegfelvétel napjának sorrendjében. A köteteknek nincs különösebb jelentőségük, csupán mintaként helyeztük el őket a levéltárban.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 99.]

Az 1950-es években készült jegyzőkönyvekben a hallgatókra vonatkozó mellékleteket és a vizsgák részletes értékelését is megtalálhatjuk. A névmutatók a régebbi kötetek elején megkönnyítik a kutatást. Egyes kötetek az előző évben megkezdett államvizsgák dokumentumait is tartalmazzák.
Az állagra jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.