Az állatgyógyintézetben 1851-től sorszámosan iktatták az iratokat, a számozást minden naptári évben elölről kezdték. 1860 őszéig az iratok többsége német nyelvű, ám ezután – az Októberi Diploma kiadásával bekövetkező politikai változások miatt – ismét a magyar lett a hivatalos nyelv. Az iratsorozat az 1870-es évek végéig csaknem ép, ám az 1880-as évek második felének iratanyagát komoly károk érték, így ebből az időből csak töredékek maradtak ránk. Az alábbiakban közöljük az egyes raktári egységek iratsorozatának első és utolsó iktatószámát. Sajnos a korabeli iktatókönyvek és indexek nem maradtak fenn, így a darabszintű átnézést ajánlhatjuk a kutatóknak. [Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 36–38.]
Gróf Leo von Thun-Hohenstein vallás- és oktatásügyi miniszter megreformálta a Habsburg-monarchia tartományainak oktatási rendszereit az 1850-es években. Ebből a magyar felsőoktatás, így az állatorvosképzés sem maradt ki. A korábbi tanszékből 1851. augusztus 10-én alakult meg az önálló állatorvosképző tanintézet. A képzés színvonala lecsökkent, hiszen a Pesti Állatgyógyintézet elveszítette korábbi egyetemi jellegét, a kormányzattól pedig nem kapott annyi támogatást, hogy utolérhesse a mintának tekintett bécsi állatorvosi iskola nívóját. Az oktatás hivatalos nyelve ugyan a német lett, de a magyart teljesen nem lehetett száműzni, hiszen a hallgatóság egy része csak ezt a nyelvet értette meg. 1875-ben, immáron a kiegyezés utáni kedvezőbb politikai körülmények között ismét átszervezték az intézményt, és 1890-ig Állatorvosi Tanintézetnek nevezték. Időközben a követelmények egyre magasabbak lettek, vagyis az intézet egyre értékesebb képesítést nyújtott. [Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 35.]
Az intézet tanári testületének üléseiről 1874-től maradtak ránk jegyzőkönyvek. Külön segédlet nem készült hozzájuk, így csak az időpont meghatározása alapján, egyenkénti átnézéssel kutathatjuk őket.
A legkorábbi évekből csupán néhány kézzel írt hallgatói jegyzék maradt fenn. A Semmelweis Egyetem levéltárában azonban hiánytalan sorozatot találhatunk az 1842 előtti névsorokból, így ennek a korszaknak az állatorvosi hallgatóit ott érdemes keresni. Az 1842 utáni latin, később magyar nyelvű előnyomott táblázatokat a felvételi és beiratkozási adatokról már mi őrizzük. Ezekből megtudhatjuk a hallgatók nevét, korát, vallását, születési helyét, anyja nevét, előző tanulmányainak helyét, sőt még szálláshelyüket is. Az 1851 előtti években a felvételi nyilvántartások egyben osztályozási könyvek is voltak, így belőlük tájékozódhatunk a hallgatók tanulmányi eredményeiről. Az intézmény még az abszolutizmus korában is magyarul vezette az iratokat. Ennek az állagnak és a következőnek az 1874 és 1890 közötti dokumentumai némileg átfedik egymást, ugyanakkor a névsorok csupán a felvételről és a beiratkozásról tájékoztatnak, míg a főiskolai anyakönyvek részletesebbek. [Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 65–66.]
"Az 1890/1 tanévi egyetemi rectorságom emlékére 2000 azaz kétezer o.é. forintot adományozok a budapesti tudományegyetem hallgatóinak oly czéllal, hogy ezzel megbetegedett egyetemi hallgatók számára kórháznak alapítása kezdeményezve legyen."
