A Rektori Hivatalban az 1950-es évektől meghatározott ügyek intézése az oktatási és tudományos rektorhelyettesek hatáskörébe tartozott. Segítségükre volt 1950-től az Oktatási Osztály, 1963-tól az ezen belül alakult Tudományos Csoport. Az iratokat külön kezelték és témák szerint gyűjtötték. Egy részük a központi iktatókönyvből kapott számot, de mivel sok melléklet tartozott hozzá, nem került az iktatott sorozatba. Az 1950-es években olyan nagy mennyiségű anyag gyűlt össze, hogy nem iktatták, hanem a már eddig, témák szerint gyűjtött anyaghoz rakták. 1970-ben a Csoport kettévált, munkája a Külföldi Kapcsolatok Osztálya és a Tudományszervezési Osztály között oszlott meg.
Ebben az állagban találhatók: a Tudományos Felsőoktatási Tanács, a Felsőoktatási Pedagógiai Kutatócsoport, a Tudományos Kutatások Fejlesztési Alapja működésével kapcsolatos iratok, a tanszéki kutatási tervek, témalapok, beszámoló jelentések, kimutatások.
Az állag jelentős részét a költségvetésen kívüli munkák iratai alkotják. Az 1980-as évek közepétől az egyetemnek lehetősége nyílt az Országos Tudományos Kutatási Alap minisztériumok és a Magyar Tudományos Akadémiával való együttműködés révén pályázati pénzek elnyerésével finanszírozni a kutatásokat. Az állag az egyetemi évkönyvekre vonatkozó iratokat is magába foglalja. (1968-1991). Említést érdemelnek még a szabadalmi ügyek aktái. (1976-1985).

Az oktatásra vonatkozó 1985. évi I. törvény értelmében 1987-ben kezdődött meg a rektori konferenciák és országos egyetemi fórumok szervezése. A fórum megalakítására vonatkozó javaslatot, - minisztériumi felkérésre – Fülöp József az ELTE rektora dolgozta ki. Céljául a felsőoktatást érintő oktatási-, kutatási,- nevelési,- politikai- és fejlesztési kérdések megvitatását és közös álláspont kialakítását tűzték ki. Részt kívántak venni a döntés előkészítésben, összehangolva érdekképviseleti tevékenységüket. Ezen célok megvalósítását a résztvevő intézmények rektorainak tanácskozása során (Rektori Konferencia), illetve egyetemi fórumok tartásával kívánták elérni. Az alapításban a tudományegyetemeken kívül a műszaki-, az orvosi- és az agráregyetemek is részt vettek. A konferencia, s ezzel együtt az országos egyetemi fórum elnökévé is Fülöp Józsefet választották. Az állagban a fórum létrejöttére vonatkozó dokumentumok, előkészítő anyagok, állásfoglalások, hozzászólások, emlékeztetők, valamint a Konferencia külföldi társintézményeivel való kapcsolatokra vonatkozó iratok találhatók.

A fegyelmi ügyek két nagyobb részre bonthatók. A tanári fegyelmi ügyek évenként rendezve találhatók meg, a hallgatók fegyelmi ügyei pedig évrendben és karonkénti bontásban.

Az állagban az egyetem éves tervjavaslatai (kari előkészítő anyagokkal), a gazdasági vezetés munkájáról készült jelentés, a TTK új elhelyezésével kapcsolatos iratok, az egyetem távlati terve (1964-80), valamint költségvetési előirányzatok találhatók.

A bizalmasan kezelt iratok köre kiterjed gazdasági, oktatáspolitikai és az egyetem oktatóit, illetve hallgatóit érintő személyi ügyekre, melyek részben az egyetem keretén belül, részben a minisztériummal való levelezés útján nyertek elintézést.

A tandíjak beszedése és kezelése a Quaestura feladata volt, nyilvántartásukra rendszeresítették a beiratkozási díjnaplót. Tanévenként vezették, sorszámozva, a hallgatók beiratkozásának időrendjében. Tartalmazza a hallgatók nevét, fakultását, a befizetett díj összegét.
A pénztári főnaplók részletes kimutatásokat adnak az oktatóknak, a hallgatóknak és az alkalmazottaknak kifizetett összegekről. Minden hónap végén lezárták és összesítést készítettek. Egy kötet három-négy tanév anyagát tartalmazza. A sorozat nem teljes, 1907/08-1932/33-ig hiánytalan, a következő kötet már az 1947/ 48-as tanévből származik.

Az Orvosi Kar keretein belül 1887-től működött a Klinikai Bizottság, amely a klinikák anyagi szükségleteivel foglalkozott. Ebben az állagban az 1931 és 1944 között kissé hiányosan, 1946 és 1949 között pedig töredékesen fennmaradt ülésjegyzőkönyve­k találhatók. További iratai a központi szervek iratanyagá­ban, illetőleg a SOTE levéltárában találhatók. Az anyag egyen­kénti átnézéssel kutatható.