Lévén, hogy nem levéltárunk az őrzője Eötvös Loránd személyi hagyatékának, csekély terjedelmű anyagunk csupán néhány eredeti irat fénymásolatát tartalmazza, mint például néhány levél Eötvös szüleivel folytatott levelezéséből gimnazistaként, majd egyetemistaként Heidelbergből; levelek a heidelbergi egyetem bölcsészettudományi karának címezve és végül néhány Eötvösről írt, emlékének szentelt újságcikk.

Ebben az állagban a Rektori Hivatal iktatószám (és kis részben dátum) nélkül különböző témájú iratai találhatók. Az állag első tétele az 1773-ban, a jezsuita rend feloszlatása idején készített egyetemi leltár (Inventarium seu conscriptio collegii suppressa Societatis Jesu Tyrnaviensis). Az iratok között gazdasági ügyekre (pl. alapítványok), egyetemi alkalmazottakra, hallgatókra, tanulmányi ügyekre (vizsgajelentések, felvételik, fellebbezések stb.) kiemelkedő jelentőségű évfordulók megünneplésére, külföldi kapcsolatokra, látogatásokra, jegyzet- és tanulmányügyekre vonatkozó iratok vannak.

Az iratanyag az egyetem vezetésével kapcsolatos iratanyagot tartalmazza, testületi ülések jegyzőkönyveit, a Rektori Hivatal iktatott iratait, az iktatott iratok közül kiválogatott tematikus iratcsoportokat és a tudományos fokozatokkal kapcsolatos nyilvántartásokat.

Az állag anyaga csak az 1944/45-ös tanévtől tekinthető jelentősebb forrásnak, a megelőző évekből csak szórványosan maradt meg néhány irat. Az 1919-1921 közötti anyag egy része, szerencsés véletlen folytán, éppen a Munkásmozgalmi Intézetben volt az Országos Levéltárba történő szállítás idején. A MMI-ből később hiányosan ugyan, de bekerült a Levéltárba. Az 1944-1950 közötti anyag sem teljes, hiánytalannak az 1951/52-es tanévtől mondható. Az iratok iktatása 1951. december 30-ig az Egyetemen alkalmazott módon, tanévenként sorszámosan történt. 1952-1957 között csoportszámos iktatást alkalmaztak. 1957. január 1-től visszatértek a sorszámos iktatásra, de már nem tanévek, hanem naptári évek szerint. Az iktatókönyvek 1935-től, a mutatókönyvek 1944/45-től maradtak meg. Az 1944 előtti anyag utólag készített index segítségével kutatható.
Az 1950 után a Rektori Hivatalban bevezetett szervezeti változások következtében az iktatott iratok kezelése is megváltozott. A Hivatalban központi iktatás folyt. Iktatás után az irat arra az osztályra került, amelynek feladatkörébe tartozott az ügy intézése. Az iktatókönyvbe be is jegyezték, hogy az anyagot hová továbbították, a visszahelyezése azonban nem mindig történt meg. Ez a központilag iktatott anyag megbontását idézte elő. Sok irat került a Személyzeti Osztályra, illetve a Tudományos Csoporthoz, amely témánként gyűjtötte az anyagot. Különösen érvényes ez az 1960-1970 közötti évekre, amikor az iratmennyiség is tetemesen felduzzadt. Ebben az időszakban legcélszerűbb témák szerint kutatni, ahogy az anyag jelenlegi rendezésében található.
Az állagon belül külön sorozatot képez a háború pusztításai után megmaradt 8 doboznyi égett irat. Az anyag rossz állapota miatt nem kutatható. Szintén külön egységet képez az alapítványi okiratok sorozat, itt található többek között Pázmány Péter alapítólevele, a Mária Terézia által kiadott Diploma Inaugurale stb. Itt nyertek elhelyezést a különféle pályamunkák díjazására tett alapítványok, valamint egyéb másolatok /pl.: a Diploma Inaugurale-ról, az egyetem birtokairól stb./ Az iratok nyelve latin, német és magyar.