A Botanikus Kert iratai 1805-től 1970-ig - az 1850-es évekig igen hiányosan - állnak rendelkezésünkre, jórészt átnézéssel kutathatóak.
Az első állag az egész kert történetére vonatkozó - a 19. század első felében többségben német és latin nyelvű - iktatatlan, egyenkénti átnézéssel kutatható iratokat, valamint - 1898-tól kezdődően - iktatott iratokat tartalmaz, melyek kutatását iktatókönyvek segítik.

Az alkalmazottak törzskönyvei a kert dolgozóinak személyi és szolgálatai adatait tartalmazzák. A napszámosok nyilvántartása a be- és kilépések időpontjait közli, a napszámkönyv és a kertészsegédek bérkimutatásai a munkaidők és a kifizetett bérek jegyzéke.

A gyakorlati pénztár mellékletei a kert által kifizetett összegek nyugtáit, a hallgatók befizetéseit és az elszámolásokat tartalmazzák. A pénztári kísérő jegyzékek különböző elszámolások listái, maguk az elszámolások azonban nincsenek az anyagban. A belépési nyugták a kert pénztárából felvett hivatalos kiadások fedezésére szolgáló összegek (növények szállítási költségei stb.) nyugtái. A szelvényfüzetek a hallgatók által a kert részére befizetett összegek jegyzékei. A pénztári naplók a kert havi kiadásainak összesített jegyzékei.

Az állag két részből áll. Az Alföldi Bizottság a magyar Alföld növényföldrajzi viszonyainak, botanikai jellegzetességeinek feltárására jött létre 1909-ben, jórészt a kert akkori vezetőjének, Mágócsy-Dietz Sándor professzor kezdeményezésére, aki a bizottság elnöki tisztát is betöltötte. Iratanyagához van mutató, ennek felhasználásával kutatható.
Az állag másik fele személyi iratok gyűjteménye. Iskolai bizonyítványok, katonai, szolgálati iratok, esetenkénti magán- és hivatali levelek együttese.

Az állag jórészt a kerthez érkezett kérelmekből (szaktanács kérés, növények felajánlása megvételre stb.) áll. A külföldi levelezés a kert külkapcsolataihoz szolgálhat adalékul. A vegyes iratok a legkülönbözőbb jellegű iratok, prospektusok, újságkivágások gyűjteménye.

A tanszék iratait 1959-től tárgycsoportokat kialakítva, évenkénti sorszámos rendben iktatták. Ezek a tárgycsoportok: az oktatásügyi iratok, a gyógyszerészképzés, a tudományos kutatás, a személyi- és gazdasági iratok egyúttal a fond állagai is. A vegyes iratok állagát az előbbi tárgycsoportokba nem tartozó iratok alkotják. A tudományos kutatás című állag anyagában 1965 és 1970 között párhuzamosan iktattak. Az egyik rész a kutatásokkal kapcsolatos levelezést, míg a másik túlnyomórészt jelentéseket tartalmaz. A kutatást az "a/" állag kivételével iktatókönyvek segítik.