A fond anyaga az 1945 előtti korszakból rendkívül töredékesen maradt fenn. Az 1945 után keletkezett iratok egy részéhez nincsenek segédkönyvek, ezek hiányában az anyag egyenkénti átnézéssel kutatható.

A tanszék iratait évenkénti sorszámos rendben iktatták. Külön tárgyi csoportokat alakítottak ki a személyi, a tudományos kutatások és a gazdasági ügyek irataiból. Ezek egyúttal a fond állagai is. Az Állattani Múzeum és Intézet iratai főként leltári naplókból állnak.
A kutatás az a/ állag kivételével - melynél az iktatókönyvek megmaradtak - darabonkénti átnézéssel lehetséges.

A zoológiai gyűjtemény alapját Habsburg Mária Anna főhercegnő természetrajzi gyűjteménye vetette meg. A gyűjteményt Piller Mátyás (1733-1788) rendezte és gyarapította. Mivel az állattant eredetileg az Orvosi Karon oktatták, a gyűjteményt is ott helyezték el. Az 1830. évi egyetemi almanach szerint a zoológiai és ásványtani gyűjtemény egy közös természetrajzi múzeumot alkotott. 1850-től azonban a zoológia oktatása átkerült a Bölcsészettudományi Karhoz. 1860-tól Állattani Gyűjtemény volt a neve, majd 1863-tól Állattani és Állatboncztani Intézetnek és Gyűjteménynek nevezték. 1886-ban a Múzeum krt. 4. szám alatti épületben kapott elhelyezést. 1862-től Margó Tivadar volt a zoológia tanára, aki a gyűjteményt is világszínvonalúvá fejlesztette. A második világháborúban jelentős károkat szenvedett. 2002-ben költözött a gyűjtemény az ELTE Lágymányosi kampuszára, ahol a C épület üvegpiramisában látható.
Az állagban nagyrészt a múzeum leltárai találhatóak meg.

Az állag két részből áll. Az Alföldi Bizottság a magyar Alföld növényföldrajzi viszonyainak, botanikai jellegzetességeinek feltárására jött létre 1909-ben, jórészt a kert akkori vezetőjének, Mágócsy-Dietz Sándor professzor kezdeményezésére, aki a bizottság elnöki tisztát is betöltötte. Iratanyagához van mutató, ennek felhasználásával kutatható.
Az állag másik fele személyi iratok gyűjteménye. Iskolai bizonyítványok, katonai, szolgálati iratok, esetenkénti magán- és hivatali levelek együttese.