1901-ben a főiskola leválasztotta a járványtant a belgyógyászatról, s külön tanszékbe szervezte. Ennek vezetője először Hutӱra Ferenc (1860–1934), majd Manninger Rezső (1890–1970) lett. 1909-ben laboratórium egészítette ki, ám azt, feladatkörének kibővülése miatt, 1912-ben a Phylaxia Szérumtermelő Részvénytársaság vette át. 1933-ban a tanszék magába olvasztotta a Bakteriológiai Intézetet.
Az amúgy is rongált iratanyag rendezetlenül került a levéltárba. Szétválasztottuk az 1935 előtt még szabályosan iktatott és az 1935 utáni évek hivatali működésének iratait az egyéb tudományos kéziratoktól, jegyzetektől. Ebből a két csoportból alakítottuk ki a fond első két állagát. A harmadikat az intézethez szorosan kapcsolódó Magyar Mikrobiológiai Társaság dokumentumaiból létesítettük.
A fond anyagának az 1920 utáni részére jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 91.]