1944 második felében a keleti front egyre közelebb került az országhoz, majd a fővároshoz. Bár a háború korábban sem segítette intézményünk működését, az immáron hazánk területén is zajló hadműveletek egyenesen ellehetetlenítették azt. Súlyos károk keletkeztek a campus épületeiben, a hallgatók közül pedig oly sokaknak kellett bevonulniuk, hogy oktatásuk idővel abbamaradt.
Hogy mégse szűnjön meg teljesen az állatorvosképzés, ősszel a Vallás- és Közoktatásügyi Minisztérium úgy határozott, hogy a harmad- és negyedéves hallgatókat Bécsbe telepíti, s ott rövidített tanfolyamra íratja be őket. A tanári kar ugyan ellenezte az intézkedést, de véleményének kifejezésén túl egyebet nem tehetett. A bécsi tanfolyam 1944. december 14-től 1945. március végéig tartott. Négy katonai behívóval berendelt tanár: Csukás Zoltán (1900–1957), Hetzel Henrik (1875–1949), Kovács Gyula (1899–1987) és Sályi Gyula (1903–1982) oktatott 139 hallgatót. A háború után a kar csak akkor volt hajlandó elismerni ezeknek a hallgatóknak a féléveit, ha megismételték vizsgáikat.
1944 novemberében alakult meg az egyetemi Táncsics Mihály zászlóalj. Azokat a diákokat tömörítette, akik megtagadták az engedelmességet a megszálló német uralomnak és a nyilas hatalomnak. A szervezetbe állatorvostan-hallgatók is beléptek.
[forrás: 200 éves a magyar állatorvosi felsőoktatás. 1787–1987. Szerk. Holló Ferenc. Bp. 1987. 99.]