A MFSSZ megalakulása az 1906-1907. évi atlétikai-torna „háborúval” kezdődött, amelynek célja az volt, hogy a hallgatók saját egyetemi sportegyesületekben sportoljanak. Azonban ezek a folyamatok nem nyerték el a MASZ és az MLSZ tetszését, ezért akadályozni próbálták az egyetemi sportegyesületek autonómiáját. A MASZ atlétikai klubként kezelte a BEAC-ot, nem sportszövetségként. Ennek következtében az egyetemi és főiskolai sport klubok a BEAC kezdeményezésével alapították meg a Magyar Főiskolai Sportszövetséget 1907-ben. Megalakulásával a világ második és Európa első országos főiskolai sportszervezete lett. Elsődleges feladatának az egyes új sportágak meghonosítását, az egyetemista sportolók, az egyetemi klubok érdekvédelmét és az egyetemek és főiskolák testneveléssel és sporttal kapcsolatos szemléletének a formálását tartotta.
Pozsonyban alakult az egyetem, részlegesen meg is kezdte működését, amikor az első világháború után a békeszerződések értelmében költöznie kellett. 1923-ig ideiglenesen Budapesten működött, majd Pécsre költözött.
A Magyar Királyi József nádor Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetemet az 1934. évi X. törvénycikk hozta létre azzal a deklarált céllal, hogy a különböző helyeken, egymástól elszakítva, anyagi nehézségekkel küzdő műszaki és gazdaságtudományi főiskolai intézményeket egyetlen, egységesen igazgatott testületbe vonja össze. Az egyesítés tényleges mozgatórugóit elsősorban a világgazdasági válság következtében bevezetett állami takarékossági intézkedések és az 1930-as évek elején kialakult „mérnökfelesleg"-probléma (a numerus clausus hatásainak mérnöki pályára gyűrűző következményei) alkották; a korabeli kritikusok ezért „racionalizálásként" közelítették meg az új képződményt. A törvényjavaslat ellen az érintett intézmények – köztük a Műegyetem – tiltakoztak, de hasztalanul.
Az új egyetembe négy intézmény olvadt be:
-
'A Kir. József Műegyetem (1871–1934) – amelynek jogelődjei a budai Institutum Geometricum (1782), a Josef-Polytechnicum (1846-tól), majd a kir. József Műegyetem (1871-től) voltak. Négy kara és néhány száz éve kidolgozott oktatási rendszere az ország műszaki felsőoktatásának gerincét alkotta.
-
A Soproni Magyar Királyi Bánya- és Erdőmérnöki Főiskola – Európa egyik legrégibb műszaki főiskolája, amelynek gyökerei a Selmecbányán 1735-ben alapított bányatisztképző iskoláig (majd 1763–1770-ben Mária Terézia által Bányászati Akadémiává szervezett intézményig) nyúlnak vissza. Az 1919. évi Trianon után a Főiskola elhagyta selmeci hajlékát és Sopronban telepedett meg; a bányamérnöki, kohómérnöki, erdőmérnöki és földmérő-mérnöki képzést folytatta.
-
Az Állatorvosi Főiskola – az 1782-ben II. József által a pesti Egyetem keretén belül alapított állatorvosi intézet utóda; 1850-től önálló főiskolaként működött. Régi épülete a Múzeum körúton a Műegyetem ottani építkezései miatt 1880 körül lebontásra került, majd a Rottenbiller utcában kapott helyet.
-
A Pázmány Péter Tudományegyetem Közgazdaságtudományi Kara – 1920-ban alapított, három tagozatos (közigazgatási, mezőgazdasági, kereskedelmi) intézmény; az egyesítés kapcsán elsősorban azzal legitimálta az összevonást, hogy a József Ipartanoda és a Polytechnicum valóban közgazdasági képzési elemet is hordozott egykori programjában
Az 1934/35-ös tanévvel életbe lépő új intézmény statisztikailag az ország legnagyobb egyetemévé vált 98 tanszékkel, de fizikailag szétszórtan működött: a rektorátus a budai műegyetemi épületben székelt, míg a volt főiskolai karok saját helyükön maradtak. A Bánya-, kohó- és erdőmérnöki kar Sopronban folytatott munkáját az összevonás nem változtatta meg érdemben, csupán a cím és a fizetési osztályba sorolás vált előnyösebbé a korábbi főiskolai tanárok számára. A megtakarítás és az egység látszata mögött tehát valójában három Budapesten egymástól is elég messze eső helyszínen, és egy 220 kilométerre lévő soproni telephelyen működő, egységes igazgatású, de fizikailag diffúz intézmény állt.
Az 1936/37-ben épített Aerodinamikai Tanszék és Laboratórium volt az egyetlen érdemi új infrastruktúra az intézmény fennállásának első évtizedében; ez döntően katonai igények kielégítését szolgálta, és a Honvédelmi Minisztérium finanszírozta. Az oktatás korszerűsítésére irányuló törekvések – pl. a mérnöki továbbképzést nyújtó intézet szervezésének terve (1931-től felmerülő igény) – a válság mélypontján valósultak meg: az ipar anyagi támogatásával működő Mérnöki Továbbképző Intézet ténylegesen csak 1939-ben indult. Az ipar és az egyetem korábban szinte teljesen hiányzó kapcsolata lassan erősödött: a Goldberger Textilgyár a Textilkémiai Tanszéket, az Egyesült Izzó (Tungsram) az Atomfizikai Tanszéket finanszírozta.
Magyarország 1941-ben lépett be a háborúba a fasiszta hatalmak oldalán. Az egyetemet egyre inkább a háborús szükségletek határozták meg: a katonai vonatkozású ügyek (behívások, fegyvergyakorlatok, hadiipari kutatások) az iratanyagban is tükröződnek. Az oktatás – az egyre szaporodó katonai behívások és az anyagi nehézségek ellenére – folyamatosan zajlott, bár gyorsított tanmenetben. A Műegyetem tanártestülete nagyrészt vonakodva haladt a fasizálódás útján: a vezetőség sok mindent megtett, hogy az intézményt lehetőleg védve tartsa ettől a szellemtől.
1944 őszén a nyilaskeresztes kormányzat elrendelte az egyetem kitelepítését. A tanári kar – néhány kivételtől eltekintve – nem tett eleget az utasításnak és Budapesten maradt. A hallgatóságot katonai behívóval telepítették ki, de sokan a fővárosban maradtak és ott rejtőztek. A Budapest körüli 1944/45. téli harcok során a Duna-partján álló műegyetemi épületek stratégiai célpontokká váltak: német alakulatok rendezkedtek be a tantermekben és a laboratóriumokban, és az átellenes partra irányuló ágyú- és gépfegyverállásokat építették. Az ostrom következtében az épületek mintegy 20%-a megrongálódott, a felszerelés és berendezés kb. 60%-a megsemmisült.
1945 márciusában, a szovjet "felszabadítás" napjaiban a Műegyetem személyzete szinte azonnal megjelent és megkezdte a megmenthető értékek összegyűjtését. Az első, március 3-án összeülő egyetemi tanács úgy döntött, hogy április 3-án megkezdik a tanítást – és ez valóban megtörtént, legalábbis az addigra megkerült kevés hallgatónak, a megmaradt termekben. Az MKP kezdeményezésére meghirdetett „Munkások a tudományért" akció majd az „Az ország épiti a Műegyetemet" 1946 őszi gyűjtőakció (5 millió forint eredménnyel) a széles körű társadalmi összefogás szimbólumává vált. Az újjáépítési bizottság eredményes munkájának köszönhetően az újjáépítés lényegében 1949-re befejeződött.
Közben az intézmény fokozatosan kisebb lett. 1945-ben a Mezőgazdasági és Állatorvosi kar kivált: e részek az újonnan alapított Agrártudományi Egyetem részeivé váltak. Az intézmény nevéből elhagyták a „Magyar Királyi" jelzőt. 1948-ban a Közgazdaságtudományi Kar önállósult és Közgazdaságtudományi Egyetemmé alakult; az intézmény neve ekkor József nádor Műszaki Egyetemet lett. 1949-ben megalakult Miskolcon a Nehézipari Műszaki Egyetem; a soproni Bánya- és kohómérnöki egység fokozatosan Miskolcra települt. Az erdőmérnöki képzés ideiglenesen a BME-nél maradt, majd az Agrártudományi Egyetemhez került. A megmaradó mérnöki, építészmérnöki, gépészmérnöki és vegyészmérnöki karokból, azok belső kettéválasztásával 1949-ben megalakult a Budapesti Műszaki Egyetem, amellyel a 4. fond iratképzőjének szervezeti folytonossága lezárult.