1951-ben az egy karúvá vált Pécsi Tudományegyetem rektori feladatait a jogi kar dékánja látta el. Valódi rektori hivatalról 1975-től beszélhetünk, amikor a Közgazdaságtudományi Kar is csatlakozott az egyetemhez. 1982-ben az intézmény a Tanárképző kar létrejöttével a Janus Pannonius Tudományegyetem nevet vette fel, ennek rektori hivatala egészen a 2000-es intergrációig működött.
1975-re a Marx Károly Közgazdaságtudomány Egyetem Kihelyezett Tagozata elérte azt a színvonalat, hogy egyetemi karrá szerveződhessen, így ebben az évben csatlakozott a Pécsi Tudományegyetemhez.
1951-ben a Pécsi Tudományegyetem egy karúvá válásával több kiszolgáló egységet, így a könyvtárat is kettéválasztottak. Ez a könyvtár működött ezután a Pécsi Tudományegyetemen, majd 1982-től a Janus Pannonius Tudományegyetemen, bővülve az új karok tematikájával, esetenként fiókkönyvtárakkal. A 2000-től az integrált Pécsi Tudományegyetem könyvtáraként működik tovább.
1951-től az egykarúvá vált Pécsi Tudományegyetem egyetlen kara, dékánja rektori jogokat és feladatokat gyakorolt 1975-ig. Ezután a Közgazdaságtudományi Kar csatlakozásával újra rektor állhatott az egyetem élén. 1982-ben az intézmény a Tanárképző kar létrejöttével a Janus Pannonius Tudományegyetem nevet vette fel
2007 óta működött egy hasonló szervezeti egység, a Pedagógusképzési Koordinációs Központ (PKK), amelynek ugyancsak a karok közötti egyeztetés volt a feladata, ezen alapult a Nemzeti felsőoktatásról szóló 2011. évi CCIV. törvény alapján létrehozott új egység