Az 19. század második felében megnövekedett az egyetemen a gazdasági, a beruházási, a karbantartási és a felszerelési ügyek száma. Az egyetem addigi apparátusa nem volt alkalmas az ilyen feladatok ellátására, ezért hozták létre 1887-ben a Gazdasági Hivatalt. A Hivatal egy személyben felelős igazgatóját a király, a többi dolgozót - klinikai gondnokot, ellenőrt és írnokot - a vallás- és közoktatásügyi miniszter nevezte ki. 1928-tól a neve Gazdasági Igazgatóság. 1930-ban alakult meg a Gazdasági Bizottság, amelynek feladata a költségvetés, zárszámadás és az anyagi források karok közti szétosztása volt.
Az egyetem második világháborút követő szerkezeti átalakulása után a Gazdasági Igazgatóságot 1963-ban hozták létre. Feladata volt a már korábban is működő Pénzügyi Osztály, Bér- és Munkaügyi Osztály, Számviteli Osztály, valamint a Beruházási és Műszaki Osztály munkájának irányítása. 1992. február 5-től a Gazdasági Igazgatóságot megszűntették, helyét a Főigazgatói Hivatal vette át, amelynek három főosztálya működött: Főigazgatói Titkárság, Gazdasági-főigazgató helyettes Titkársága és a Műszaki-főigazgató helyettes Titkársága. 1995-től a Főigazgatói tisztség már csak névleg működött, 1997-ben végleg megszűnt. Feladatait a Főtitkári Hivatal, a Gazdasági-Pénzügyi Igazgatóság és a Fejlesztési-Műszaki Főigazgatóság vette át. A két utóbbi főigazgatóságot 2005-ben egyesítették, Gazdasági és Műszaki Főigazgatóság néven, amelynek feladata a Gazdasági Igazgatóság, a Műszaki és Üzemeltetési Igazgatóság, az Informatikai Igazgatóság és a Kontrolling Önálló Osztály irányítása volt. A Főigazgatóság 2014-ben a kancelláriai rendszer bevezetésével szűnt meg.