Az egyetemen 1946. augusztus-szeptemberére tehető a szakszervezeti mozgalom megindulása. Ekkor még jórészt altisztek, hivatalsegédek és kisegítő dolgozók voltak a szakszervezet tagjai: az egyetem oktatói között 1947 végén indult meg az ez irányú szervezkedés. 1948-ban még hat-hét különböző szakszervezetbe tartoztak az egyetem alkalmazottai, s csak az 1950-es, 1960-as évek elején kerültek egységesen a Pedagógusok Szakszervezetének irányítása alá. Az 1956 utáni években igen korlátozott volt a szakszervezet tevékenysége. 1959 januárjában alakították meg az új Szakszervezeti Bizottságokat, melyeknek fő célja az érdekvédelem mellett a párt politikájának a szakszervezet eszközeivel való támogatása, a felsőoktatási reform előkészítése és a tananyag korszerűsítése volt.

Az 1950-es években az érdekvédelem, az üdültetés, a lakás- körülmények javítása, a szociális intézmények fejlesztése, a segélyezés mögött az oktató-nevelőmunka segítése háttérbe szorult, ugyanakkor a politikai tevékenység - tömegmegmozdulások, szemináriumok, politikai előadások szervezése, rendezése - a szakszervezet munkájának alapjává vált.
Az 1956 utáni években igen korlátozott volt a szakszervezet tevékenysége. 1959 januárjában alakították meg az új Szakszervezeti Bizottságokat, melyeknek fő célja az érdekvédelem mellett a párt politikájának a szakszervezet eszközeivel való támogatása, a felsőoktatási reform előkészítése és a tananyag korszerűsítése volt.

Az 1960-as évektől a Pedagógusok Szakszervezetének egyetemi és kari szervei az Egyetem vezetőivel együttműködve segítik az egyetem dolgozóinak politikai nevelését és gyakorolják a szak- szervezet részére szabályokban biztosított jogokat. Emellett részt vesznek az egyetemi és kari tanácsok, valamint más testületek munkájában is, ahol a dolgozók érdekeit kell képviselniük.

A magyarországi rendszerváltozást közvetlenül megelőző időben a megújulni vágyó magyar közéletben megfogalmazódott az ágazati érdekvédelmi tevékenység erősítésének igénye. Ennek eredményeként 1988-ban – a Pedagógusok Szakszervezetéből kiválva – megalakult a Felsőoktatási Dolgozók Szakszervezete, amely az FDSZ Alapszabályában rögzítettek szerint önállóan működő, egyenrangú intézményi alapszervezetek szövetsége.

Az MSZMP Politikai Főiskola – teljes nevén MSZMP Központi Bizottsága Politikai Főiskolája – 1968 és 1990 között működő felsőoktatási intézmény volt, melyet a Magyar Szocialista Munkáspárt (MSZMP) – vagyis az állampárt – tartott fenn és működtetett, a „marxista tudomány” elmélyítésére, a káderképzés és a továbbképzés fejlesztésére.
1968-ban a képzés színvonalának emelése érdekében döntött az MSZMP KB a képzés felsőoktatási színvonalúvá tételéről. Az MSZMP Központi Bizottsága Politikai Főiskolája 1968. szeptember 1-jén kezdte meg működését. Nappali és levelező tagozatot indítottak, a végzettek egyetemi diplomát kaptak. A főiskola fennállásának teljes időtartama alatt Budapesten a XIV. Ajtósi Dürer sor 19-21. szám alatti épületkomplexumban volt, itt működött a kollégium is. A főiskola oktatói egyetemi oktatói címet kaptak.
A 2005/1990. (III.24.) Minisztertanácsi rendelet megszüntette és jogutód nélkül hagyta az MSZMP Politikai Főiskoláját. A volt levelező tagozatos politikai főiskolások képzésének befejezése érdekében lehetőséget kívántak adni számukra az ELTÉ-re való átjelentkezésre, ahol kisebb részüket átvette az ELTE Szociológiai Intézete és Továbbképző Központja, a tanulmányaikat az eredeti képzési rendben befejezni óhajtók többsége számára pedig a Bölcsészettudományi Karon tervezték politikaelmélet szak felállítását egyszeri kivételes képzési formaként. A tervezett szak tantervét a Kari Tanács azonban ebben a formában nem fogadta el, így az 1990/91 őszén átjelentkező hallgatók egyelőre nem folytathatták tanulmányaikat. A politikaelmélet szak egy új, a modern követelményeknek megfelelő tantervvel - nem pusztán a volt politikai főiskolásokkal - 1994-ben kezdte meg működését.

A Pedagogikum Központ 2007-2015-ig működött (2007-ben hozták létre, tényleges működését 2008-ban kezdte meg), feladata volt három tanárképző kar, a BGGyK, a PPK és a TÓK gazdálkodási, pénzügyi, üzemeltetési feladatainak ellátása, oktatásszervezési, tanulmányi és humánpolitikai adminisztratív szolgáltató tevékenység végzése hálózati jelleggel. A Pedagogikum Központ élén egy Vezető Testület állt, és három főosztálya volt: I. Gazdasági Főosztály, II. Humánpolitikai Főosztály III. Oktatásszervezési és Tanulmányi Főosztály. A Központ három helyen működött: a TÓK-on a humánpolitikai ügyeket, a PPK-n a hallgatókkal kapcsolatos ügyeket, a BGGyK-n a gazdálkodási, pénzügyi és üzemeltetési feladatokat intézték.

A történelem segédtudományainak oktatását az 1777-ben kiadott Ratio Educationis tette kötelezővé az egyetemen. Az Egyetemi Könyvtár számára 1779-ben kiadott szervezeti és működési szabályzatban az uralkodó a könyvtár őreinek feladatává tette a segédtudományok oktatását. Az 1850-es években bevezetett egyetemi reformok után a történeti segédtudományok – köztük elsősorban a diplomatika és szfragrisztika – oktatása az 1887-ben megalakult Történelmi Szeminárium feladata lett, amelynek vezetője Fejérpataky László, majd Szentpétery Imre volt. Az 1949-ben bevezetett egyetemi reform következtében a Történelmi Szeminárium megszűnt, de Léderer Emma kezdeményezésére megkezdődött az egyetemen a levéltárosképzés, és ebből a célból megalakult a Történeti Segédtudományok Tanszék, amelynek neve 1973-ban Történelem Segédtudományai Tanszékre változott. A tanszék a levéltárosképzés és a történeti segédtudományok oktatása mellett felelőse az újkori történész-muzeológus hallgatók képzésének és a történelem tanárszakos hallgatók módszertani képzésének is.
A tanszék vezetői:
1954 – 1969 Léderer Emma
1969 – 1980 Sinkovics István
1980 – 1997 Kállay István
1997 – 1999 Kardos József
1999 – 2004 Bertényi Iván
2004 – 2018 Borsodi Csaba
2018 – Körmendi Tamás

2000-ben jött létre a Janus Pannonius Tudományegyetem, a Pécsi Orvostudományi Egyetem, és a szekszárdi Illyés Gyula Tanárképző Főiskola egyesülésével.