A MFSSZ megalakulása az 1906-1907. évi atlétikai-torna „háborúval” kezdődött, amelynek célja az volt, hogy a hallgatók saját egyetemi sportegyesületekben sportoljanak. Azonban ezek a folyamatok nem nyerték el a MASZ és az MLSZ tetszését, ezért akadályozni próbálták az egyetemi sportegyesületek autonómiáját. A MASZ atlétikai klubként kezelte a BEAC-ot, nem sportszövetségként. Ennek következtében az egyetemi és főiskolai sport klubok a BEAC kezdeményezésével alapították meg a Magyar Főiskolai Sportszövetséget 1907-ben. Megalakulásával a világ második és Európa első országos főiskolai sportszervezete lett. Elsődleges feladatának az egyes új sportágak meghonosítását, az egyetemista sportolók, az egyetemi klubok érdekvédelmét és az egyetemek és főiskolák testneveléssel és sporttal kapcsolatos szemléletének a formálását tartotta.

Pozsonyban alakult az egyetem, részlegesen meg is kezdte működését, amikor az első világháború után a békeszerződések értelmében költöznie kellett. 1923-ig ideiglenesen Budapesten működött, majd Pécsre költözött.