1895-ben Eötvös Loránd a párizsi École Normale Superieure mintájára alapította az édesapjáról elnevezett, az egyetem irányítása alatt álló középiskolai tanárképző kollégiumot. A Collegium első épülete Pesten, a Csillag utcában volt, ahonnan 1910-ben költöztek át a mai, Alpár Ignác tervezte Ménesi úti épületbe. A Collegium első kurátora Eötvös Loránd, igazgatója pedig a fizikus Bartoniek Géza volt (1895 - 1928), aki a porosz mintájú magyar oktatási rendszerben francia szellemiségű szigetet teremtett a Collegiumból. Eötvös Loránd halála után a Collegium kurátora Teleki Pál lett, az igazgató Bartonieket Gombocz Zoltán, a kiváló nyelvész (1928-1935), majd Szabó Miklós klasszika-filológus (1935-1945), a háború után pedig Keresztury Dezső követte (kultuszminisztersége mellett is megtartotta az Eötvös Collegium igazgatóságát). Leköszönése (1948) után 1950-ig Lutter Tibor irányította a széteső, majd rendeletileg is bezárt Collegiumot. Az épületet 1950-ben a Tanfolyamellátó Vállalat vette át: a Collegium vagyontárgyai szétszóródtak, híres könyvtárát a Akadémia védte meg a pusztulástól. 1956-ban a régi hagyományok alapján kezdték meg a Collegium újjászervezését. 1957-ben az országban először itt szerveztek szakkollégiumot Tóth Gábor vezetésével. Az 1990. évi rendszerváltást követően Göncz Árpád köztársasági elnök visszaadta a Collegium főiskolai jellegét, így egy rövid időre önálló intézmény lett, de 1993-ban visszakerült az egyetem irányítása alá.

Az ELTE az alapítása óta eltelt évszázadokban több néven működött: 1635-1769 Nagyszombati Jezsuita Egyetem, 1769-1784 Királyi Magyar Tudományegyetem, 1784-1873 Pesti Királyi Tudományegyetem, 1873-1921 Budapesti Tudományegyetem, 1921-1950 Magyar Királyi Pázmány Péter Tudományegyetem, 1950-től Eötvös Loránd Tudományegyetem. A második világháború után az egyetemről leválasztották az orvosi kart és a hittudományi kárt, így három karral, a bölcsésztudományi, a természettudományi és a jogi karral működött tovább.