II. József 1786. december 12-én adta ki az egyetemi orvosi kar állatgyógyászati tanszékének alapításáról szóló rendeletét. A Helytartótanács ennek alapján részletezte az új intézmény létrehozásának teendőit 1787. február 6-án. Az oktatás ugyanazon év nyarán kezdődött meg. Eleinte még a képzéshez szükséges eszközök is hiányoztak, ezeket Tolnay Sándornak (1747–1818), a tanszék első vezetőjének csak hosszú évek munkájával sikerült beszereznie. A század végén a tanszék mellett állatgyógyintézet létesült. Az itt dolgozók klinikai gyakorlatot végeztek, valamint kovácsmesteri és alapvető állatorvosi tanfolyamokat tartottak. A tanszék és az intézet egészen 1851-ig változatlan formában működött, dacára a reformterveknek és javaslatoknak.
Ha összehasonlítjuk a fond és az akkori tudományegyetem más tanszékeinek gyűjteményét, megállapíthatjuk, hogy a 19. század közepéig ez az egyik legnagyobb mennyiségben megmaradt iratanyagunk. Igaz: az egyetem központi hivatalainak korabeli hagyatéka sokkal gazdagabb.
A fond iratanyagát három tematikus állagra bontottuk, továbbá egy-egy különálló gyűjteményből két újabb állagot hoztunk létre.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 31.]

Gróf Leo von Thun-Hohenstein vallás- és oktatásügyi miniszter megreformálta a Habsburg-monarchia tartományainak oktatási rendszereit az 1850-es években. Ebből a magyar felsőoktatás, így az állatorvosképzés sem maradt ki. A korábbi tanszékből 1851. augusztus 10-én alakult meg az önálló állatorvosképző tanintézet. A képzés színvonala lecsökkent, hiszen a Pesti Állatgyógyintézet elveszítette korábbi egyetemi jellegét, a kormányzattól pedig nem kapott annyi támogatást, hogy utolérhesse a mintának tekintett bécsi állatorvosi iskola nívóját. Az oktatás hivatalos nyelve ugyan a német lett, de a magyart teljesen nem lehetett száműzni, hiszen a hallgatóság egy része csak ezt a nyelvet értette meg.
1875-ben, immáron a kiegyezés utáni kedvezőbb politikai körülmények között ismét átszervezték az intézményt, és 1890-ig Állatorvosi Tanintézetnek nevezték. Időközben a követelmények egyre magasabbak lettek, vagyis az intézet egyre értékesebb képesítést nyújtott.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 35.]

A középkor és kora újkor évszázadaiból örökölt szokás szerint a kovácsok kezelték a patás haszonállatok, elsősorban a lovak lábának sérüléseit, betegségeit. A patkoló- és gyógykovácsok képzése ezért a 19. század közepéig volt előírt feladata intézményünknek. A Patkolda külön szervezeti egységként üzemelt. Még az ország távoli pontjain élő gazdák is ide küldték lovaikat. A kezelésért, vasalásért kapott fizetség az alma mater fontos bevételi forrása volt. A század második felében a sebészet fejlődése lassan háttérbe szorította a mesterséget, majd 1930-ban a Patkolástani Intézet a Sebészeti Klinikába olvadt.
A fond első két állaga a patkolda csekély forrásértékű, ám korjellemző nyilvántartásaiból áll. Ugyancsak itt találhatjuk meg a patkolási és gyógykovácsi tanfolyamok névsorait.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 101.]

A bakteriológia a 19. század második felében jött létre. Segítségével korábban rejtélyes és gyilkos fertőzések váltak végre kiismerhetővé. Immáron hatékony intézkedéseikkel az orvosok csökkenthették a kolerajárványok áldozatainak számát, s védőoltást dolgoztak ki olyan rettegett kórok ellen, mint a pestis vagy a torokgyík. Az új eredmények felhasználásával később a vírusokat is felfedezhették.
Hazánk sem óhajtott kimaradni az orvostudomány forradalmából. A Magyar Királyi Állami Bakteriológiai Intézet 1891 őszén nyílt meg. Mivel mind az oktatásban, mind a közegészségügy korszerűsítésében szorosan együttműködött az állatorvosképzéssel, 1908-ban az Állatorvosi Főiskola részévé vált. Itt különálló szervezeti egységként működött 1933 nyaráig, amikor egyesült a Járványtani Intézettel.
Az 1892 és 1899 közötti évek anyaga hiányos, az 1902., az 1928. és az 1929. év iratai pedig elvesztek. A többi év dokumentumai azonban csaknem hiánytalanul maradtak fenn. Az intézet fennhatósága a történeti Magyarország egészére terjedt ki, így a fond a trianoni békeszerződésben elcsatolt megyék és városok közegészségügyének múltjáról is őriz adatokat.
A gyűjtemény jórészt állategészségügyi vizsgálatok felkéréseiből és jelentéseiből áll. Az, hogy az intézet az I. világháború előtt élte virágkorát, majd veszített jelentőségéből, az ügyiratok forgalmának alakulásán is megfigyelhető: számuk 1900 és 1915 között csaknem megnégyszereződött, aztán csökkent.
Az intézet sorszámosan iktatta beérkező iratait. Az 1892-ben, illetve az 1922 és 1928 között keletkezett iktatókönyvek hiányoznak, a meglévők használata pedig nehézkes, mivel index nem készült hozzájuk. A kimenő iratok korabeli másolatkönyveinek 1900 és 1916 közötti részét szintén meglelhetjük a fondban.
Az anyagot nem tagoltuk állagokra. Az iratokat egyenkénti átnézéssel, valamint az iktatókönyvek segítségével kutathatjuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára. Repertórium (1741) 1787-1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 85-89.

Intézményünk 1890-ben akadémiai, 1899-ben pedig főiskolai rangra emelkedett. Az ezután következő, az 1934. évi újabb átalakításig tartó időszakot tartjuk a magyar állatorvostörténet aranykorának a lendületes fejlődés miatt, melyet az I. világháború és az azt követő bizonytalanságok sem törtek meg. A főiskola oktatói, kutatói számos találmányt szabadalmaztattak, számos felfedezést és tudományos művet tettek közzé, így az alma maternek külföldön is híre ment. Ezek az évtizedek összefonódtak a tudósként és szervezőként is kiváló Hutӱra Ferenc 1899-től 1931-ig tartó rektorságával. A Marek Józseffel közösen jegyzett és több idegen nyelvre lefordított Állatorvosi belgyógyászata a 20. század első felében tananyaggá vált a világ valamennyi állatorvosokat képző intézetében.
A fond 1920 után keletkezett anyagára jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak részben kutatható.

A sebészet az állatorvosképzés kezdetétől alapvető tantárgy. Bár Varga Ferenc (1835 – 1898) 1870-ben tanszéket alapított szakterületének, az igazi fejlődés csak azután vette kezdetét, hogy az állatgyógyintézet 1881-ben mai helyére, a Rottenbiller utcai campusra (ma VII. kerület, István utca 2.) költözött. Itt ugyanis volt elég hely és megfelelő felszerelés a sebészeti klinika kialakítására, ahol a hallgatók elsajátíthatták a szükséges gyakorlatot. A klinikai munkával az addig inkább kézműves mesterségnek tekintett sebgyógyászat az állatorvoslásban is modern tudományággá fejlődhetett.
Sem a tanszék, sem a klinika eredeti iratanyaga nem maradt fenn. A fond első két állaga a páciens állatok adatait rögzítő naplókat tartalmazza, valamint azoknak a kórlapoknak a darabjait, melyeket a hallgatók készítettek. Az 1–6. fondban a sebészeti oktatás és a klinika további iratait találhatjuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 97.]

Az 1934-ben létrejött hatalmas egyetem célja az volt, hogy egymaga nevelje ki a hazai nemzetgazdaságért dolgozó valamennyi diplomás szakembert. Nevét a jogelőd műegyetemtől örökölte. Öt karra oszlott: mérnök és építészmérnökire, gépész és vegyészmérnökire, bánya-kohó- és erdőmérnökire, mezőgazdasági és állatorvosira, valamint közgazdaságtudományira. A karok további két-két osztályra tagolódtak.
Az addig önálló Állatorvostudományi Főiskola tehát egy osztállyá alakult a mezőgazdasági képzéssel együtt. Az átszervezést visszalépésként értékelte, mivel érdekeinek érvényesítésére immáron jóval kevesebb lehetősége volt, bár az 1939/1940. tanévben professzorunk, Zimmermann Ágoston (1875–1963) töltötte be a rektori tisztséget. Az óriásegyetem valóban nem sokáig bizonyult életképesnek: először épp a Mezőgazdasági és Állatorvosi Kar vált ki belőle 1945-ben, később pedig a többi kar.
A Magyar Királyi József Nádor Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem jogutódja a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem.
A fond anyagára jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 43.]

1944 második felében a keleti front egyre közelebb került az országhoz, majd a fővároshoz. Bár a háború korábban sem segítette intézményünk működését, az immáron hazánk területén is zajló hadműveletek egyenesen ellehetetlenítették azt. Súlyos károk keletkeztek a campus épületeiben, a hallgatók közül pedig oly sokaknak kellett bevonulniuk, hogy oktatásuk idővel abbamaradt.
Hogy mégse szűnjön meg teljesen az állatorvosképzés, ősszel a Vallás- és Közoktatásügyi Minisztérium úgy határozott, hogy a harmad- és negyedéves hallgatókat Bécsbe telepíti, s ott rövidített tanfolyamra íratja be őket. A tanári kar ugyan ellenezte az intézkedést, de véleményének kifejezésén túl egyebet nem tehetett. A bécsi tanfolyam 1944. december 14-től 1945. március végéig tartott. Négy katonai behívóval berendelt tanár: Csukás Zoltán (1900–1957), Hetzel Henrik (1875–1949), Kovács Gyula (1899–1987) és Sályi Gyula (1903–1982) oktatott 139 hallgatót. A háború után a kar csak akkor volt hajlandó elismerni ezeknek a hallgatóknak a féléveit, ha megismételték vizsgáikat.
1944 novemberében alakult meg az egyetemi Táncsics Mihály zászlóalj. Azokat a diákokat tömörítette, akik megtagadták az engedelmességet a megszálló német uralomnak és a nyilas hatalomnak. A szervezetbe állatorvostan-hallgatók is beléptek.
[forrás: 200 éves a magyar állatorvosi felsőoktatás. 1787–1987. Szerk. Holló Ferenc. Bp. 1987. 99.]

Az Agrártudományi Egyetem 1945-ben alakult meg. Szerkezete a József Nádor Egyeteméhez hasonlóan összetett volt. Mezőgazdaságtudományi kara négy osztályból állt: a budapestiből, a debreceniből, a keszthelyiből és a mosonmagyaróváriból. Ezek 1949-ben átmenetileg megszűntek, majd önálló intézményekként születtek újjá. A továbbiakban önálló karként működött a korábbi állatorvostudományi, valamint a kert- és szőlősgazdaságtudományi részleg. Az erdőgazdaságtudomány jogilag az 1946/1947-es tanévtől tartozott az egyetemhez, ám valójában nem valósult meg az átszervezés, hiszen 1949-ig létezett a műegyetem Bánya-, Kohó- és Erdőmérnöki Kara, így a soproniak időleges kapcsolódása csak 1950 és 1952 között lehetett érvényben.
1951-től már hét kara volt az Agrártudományi Egyetemnek: agronómiai, állattenyésztési, agrár-közgazdasági, gépesítési, állatorvostudományi, erdőgazdaságtudományi, valamint kert- és szőlőgazdaságtudományi. A hatalmas szervezetből 1952 és 1954 között vált ki az utolsó négy kar, majd önállósultak. Az állatorvostudományi kar az 1952/1953-as tanévet még az agráregyetemen belül kezdte meg, de októberben önálló főiskolává alakult.
A fond anyagára jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 47.]

Mály Nándor (1892–1973) főtörzsállatorvos volt.