Intézményünk 1890-ben akadémiai, 1899-ben pedig főiskolai rangra emelkedett. Az ezután következő, az 1934. évi újabb átalakításig tartó időszakot tartjuk a magyar állatorvostörténet aranykorának a lendületes fejlődés miatt, melyet az I. világháború és az azt követő bizonytalanságok sem törtek meg. A főiskola oktatói, kutatói számos találmányt szabadalmaztattak, számos felfedezést és tudományos művet tettek közzé, így az alma maternek külföldön is híre ment. Ezek az évtizedek összefonódtak a tudósként és szervezőként is kiváló Hutӱra Ferenc 1899-től 1931-ig tartó rektorságával. A Marek Józseffel közösen jegyzett és több idegen nyelvre lefordított Állatorvosi belgyógyászata a 20. század első felében tananyaggá vált a világ valamennyi állatorvosokat képző intézetében.
A fond 1920 után keletkezett anyagára jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak részben kutatható.

1901-ben a főiskola leválasztotta a járványtant a belgyógyászatról, s külön tanszékbe szervezte. Ennek vezetője először Hutӱra Ferenc (1860–1934), majd Manninger Rezső (1890–1970) lett. 1909-ben laboratórium egészítette ki, ám azt, feladatkörének kibővülése miatt, 1912-ben a Phylaxia Szérumtermelő Részvénytársaság vette át. 1933-ban a tanszék magába olvasztotta a Bakteriológiai Intézetet.
Az amúgy is rongált iratanyag rendezetlenül került a levéltárba. Szétválasztottuk az 1935 előtt még szabályosan iktatott és az 1935 utáni évek hivatali működésének iratait az egyéb tudományos kéziratoktól, jegyzetektől. Ebből a két csoportból alakítottuk ki a fond első két állagát. A harmadikat az intézethez szorosan kapcsolódó Magyar Mikrobiológiai Társaság dokumentumaiból létesítettük.
A fond anyagának az 1920 utáni részére jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 91.]

Az 1934-ben létrejött hatalmas egyetem célja az volt, hogy egymaga nevelje ki a hazai nemzetgazdaságért dolgozó valamennyi diplomás szakembert. Nevét a jogelőd műegyetemtől örökölte. Öt karra oszlott: mérnök és építészmérnökire, gépész és vegyészmérnökire, bánya-kohó- és erdőmérnökire, mezőgazdasági és állatorvosira, valamint közgazdaságtudományira. A karok további két-két osztályra tagolódtak.
Az addig önálló Állatorvostudományi Főiskola tehát egy osztállyá alakult a mezőgazdasági képzéssel együtt. Az átszervezést visszalépésként értékelte, mivel érdekeinek érvényesítésére immáron jóval kevesebb lehetősége volt, bár az 1939/1940. tanévben professzorunk, Zimmermann Ágoston (1875–1963) töltötte be a rektori tisztséget. Az óriásegyetem valóban nem sokáig bizonyult életképesnek: először épp a Mezőgazdasági és Állatorvosi Kar vált ki belőle 1945-ben, később pedig a többi kar.
A Magyar Királyi József Nádor Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem jogutódja a Budapesti Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem.
A fond anyagára jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 43.]