Az állagban az intézet állategészségügyi gyakorlatának iratait: a járványokra vonatkozó ügyiratokat, szakvéleményeket, a Pest megyei helységek állategészségügyi tudósításait és más hasonló dokumentumokat helyeztük el. A külön intézeti képzés bevezetése előtti, vagyis az 1787 és 1799 közötti évekből is válogattunk hasonló iratokat, így ennek és az előző állagnak az időhatárai megegyeznek, annyi különbséggel, hogy ide 1848 utáni iratokat már nem soroltunk. A kutatónak célszerű mindkét állagból a megfelelő évek anyagát átnéznie. Az iratok nyelve ugyancsak német, latin, majd magyar. Közöttük szálankénti átnézéssel érdemes kutatni. [Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 33.]
II. József 1786. december 12-én adta ki az egyetemi orvosi kar állatgyógyászati tanszékének alapításáról szóló rendeletét. A Helytartótanács ennek alapján részletezte az új intézmény létrehozásának teendőit 1787. február 6-án. Az oktatás ugyanazon év nyarán kezdődött meg. Eleinte még a képzéshez szükséges eszközök is hiányoztak, ezeket Tolnay Sándornak (1747–1818), a tanszék első vezetőjének csak hosszú évek munkájával sikerült beszereznie. A század végén a tanszék mellett állatgyógyintézet létesült. Az itt dolgozók klinikai gyakorlatot végeztek, valamint kovácsmesteri és alapvető állatorvosi tanfolyamokat tartottak. A tanszék és az intézet egészen 1851-ig változatlan formában működött, dacára a reformterveknek és javaslatoknak. Ha összehasonlítjuk a fond és az akkori tudományegyetem más tanszékeinek gyűjteményét, megállapíthatjuk, hogy a 19. század közepéig ez az egyik legnagyobb mennyiségben megmaradt iratanyagunk. Igaz: az egyetem központi hivatalainak korabeli hagyatéka sokkal gazdagabb. A fond iratanyagát három tematikus állagra bontottuk, továbbá egy-egy különálló gyűjteményből két újabb állagot hoztunk létre. [Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 31.]
Az első állagban az állatorvosi tanszék oktatói munkájával, felszerelésével, a tanárok és diákok ügyeivel, általában az egyetemi képzéssel kapcsolatos iratanyagot helyeztük el. Mivel az iratokat ekkoriban még nem iktatták, csak a keletkezési sorrend lehetett a rendezés alapja. Az egyszerre több tárggyal foglalkozó iratokat is ide soroltuk. Néhány év anyaga, mint az 1792-es, rossz állapotban maradt ránk, ezért azokat nem vizsgálhattuk meg tüzetesebben. A kutatók több iraton is más hivatalok (egyetemi, megyei, kancelláriai stb.) iktatószámait találhatják. Ezekre levéltárunkban nem hivatkozhatnak, és jegyzeteiket sem alapozhatják rájuk a hiteles kutatás érdekében. Az 1787 és 1790 közötti iratok nyelve német, a későbbieké latin. Magyar nyelvűekkel az 1830-as évektől találkozhatunk növekvő számban. Az 1840, még inkább az 1844 utániak szinte kizárólag magyarul keletkeztek. 1850-ben ismét a német vált az ügyintézés nyelvévé. Iktatás és korabeli segédkönyvek híján az állagot szálankénti átnézéssel kutathatjuk. [Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 31–32.]
A fond iratai között számos táblázatos állategészségügyi kimutatást találunk a 18. század végéről és a 19. század első feléből. Sokukhoz kiegészítő jelentés is tartozik. A táblázatok egy-egy helység, járás vagy megye állategészségügyének adatait tartalmazzák, többek között a betegségek elnevezését, illetve a gyógyult és elhullott állatok számát. A táblázatokat időrendben helyeztük el a dobozokban, a keltezés nélkülieket pedig az állag végéhez csatoltuk. A jelentések többnyire latin, kisrészt magyar nyelvűek. Az anyagot szálankénti átnézéssel kutathatjuk. [Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 33–34.]
