Az Igazgatói, illetve Rektori Hivatal bizonyos iratokat nem sorolt be az iktatottak közé. Ezek értékes forrásai az egyetem történetének, így indokoltnak tartottuk, hogy külön állagot képezzünk belőlük. Az alábbiakban közöljük a dobozokban elhelyezett dokumentumok témáit és időhatárait. Az anyag egyenkénti átnézéssel kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 62–63.]

2000. január 1-én jött létre a Szent István Egyetem a korábbi gödöllői Agrártudományi Egyetem átalakításával, valamint az Állatorvostudományi Egyetem, a Kertészeti és Élelmiszeripari Egyetem, a Jászberényi Tanítóképző Főiskola és az Ybl Miklós Műszaki Főiskola összevonásával. Az univerzitás tehát jellegükben és céljaikban különböző intézményeket fogott össze. Szervezete többször is változott, egyes karok kiváltak, majd helyükre mások léptek.
      Mivel csatlakozásával az Állatorvostudományi Egyetem elveszítette önállóságát, s egyetemi karrá vált, vezetőségünk ebben az időszakban dékánokból és dékánhelyettesekből állt, a szenátus gyűlései pedig kari tanácsülésekké alakultak. Legfontosabb döntéseinkhez a gödöllői székhelyen összeülő rektori tanács jóváhagyására volt szükségünk, ügyeink intézéséhez pedig az ugyanott működő Rektori Hivatallal kellett egyeztetnünk.
      Önállóságunkat 2016. július 1-én kaptuk vissza.
      A teljesség kedvéért a korszak leendő kutatóinak a Magyar Agrár- és Élettudományi Egyetem levéltárának iratait is érdemes lesz áttekinteniük.
      A fondra jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.

Intézményünk 2016. július 1-én vált ki a Szent István Egyetemből, így visszanyerte 2000 előtti függetlenségét. Fenntartónk 2016 és 2020 között az Emberi Erőforrások Minisztériuma volt, gazdálkodásunkat kancellár felügyelte. 2020. augusztus 1-től a Marek József Alapítvány biztosítja működésünket, a kancellári rendszer pedig megszűnt.
A fondra jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak k kutatható.

Az állagra jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak k kutatható.