A bakteriológia a 19. század második felében jött létre. Segítségével korábban rejtélyes és gyilkos fertőzések váltak végre kiismerhetővé. Immáron hatékony intézkedéseikkel az orvosok csökkenthették a kolerajárványok áldozatainak számát, s védőoltást dolgoztak ki olyan rettegett kórok ellen, mint a pestis vagy a torokgyík. Az új eredmények felhasználásával később a vírusokat is felfedezhették.
Hazánk sem óhajtott kimaradni az orvostudomány forradalmából. A Magyar Királyi Állami Bakteriológiai Intézet 1891 őszén nyílt meg. Mivel mind az oktatásban, mind a közegészségügy korszerűsítésében szorosan együttműködött az állatorvosképzéssel, 1908-ban az Állatorvosi Főiskola részévé vált. Itt különálló szervezeti egységként működött 1933 nyaráig, amikor egyesült a Járványtani Intézettel.
Az 1892 és 1899 közötti évek anyaga hiányos, az 1902., az 1928. és az 1929. év iratai pedig elvesztek. A többi év dokumentumai azonban csaknem hiánytalanul maradtak fenn. Az intézet fennhatósága a történeti Magyarország egészére terjedt ki, így a fond a trianoni békeszerződésben elcsatolt megyék és városok közegészségügyének múltjáról is őriz adatokat.
A gyűjtemény jórészt állategészségügyi vizsgálatok felkéréseiből és jelentéseiből áll. Az, hogy az intézet az I. világháború előtt élte virágkorát, majd veszített jelentőségéből, az ügyiratok forgalmának alakulásán is megfigyelhető: számuk 1900 és 1915 között csaknem megnégyszereződött, aztán csökkent.
Az intézet sorszámosan iktatta beérkező iratait. Az 1892-ben, illetve az 1922 és 1928 között keletkezett iktatókönyvek hiányoznak, a meglévők használata pedig nehézkes, mivel index nem készült hozzájuk. A kimenő iratok korabeli másolatkönyveinek 1900 és 1916 közötti részét szintén meglelhetjük a fondban.
Az anyagot nem tagoltuk állagokra. Az iratokat egyenkénti átnézéssel, valamint az iktatókönyvek segítségével kutathatjuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára. Repertórium (1741) 1787-1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 85-89.

Az állag betegfelvételi naplókból áll. Ezekben az állatok tulajdonosának nevét és lakhelyét, a beteg állat leírását, illetve a kór megnevezését olvashatjuk a betegfelvétel napjának sorrendjében. A köteteknek nincs különösebb jelentőségük, csupán mintaként helyeztük el őket a levéltárban.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 99.]

A sebészet az állatorvosképzés kezdetétől alapvető tantárgy. Bár Varga Ferenc (1835 – 1898) 1870-ben tanszéket alapított szakterületének, az igazi fejlődés csak azután vette kezdetét, hogy az állatgyógyintézet 1881-ben mai helyére, a Rottenbiller utcai campusra (ma VII. kerület, István utca 2.) költözött. Itt ugyanis volt elég hely és megfelelő felszerelés a sebészeti klinika kialakítására, ahol a hallgatók elsajátíthatták a szükséges gyakorlatot. A klinikai munkával az addig inkább kézműves mesterségnek tekintett sebgyógyászat az állatorvoslásban is modern tudományággá fejlődhetett.
Sem a tanszék, sem a klinika eredeti iratanyaga nem maradt fenn. A fond első két állaga a páciens állatok adatait rögzítő naplókat tartalmazza, valamint azoknak a kórlapoknak a darabjait, melyeket a hallgatók készítettek. Az 1–6. fondban a sebészeti oktatás és a klinika további iratait találhatjuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 97.]

Egyetemünk hajdani ifjúsági egyesületeinek iratai olyan csekély mennyiségben maradtak fenn, hogy külön fondot nem alakíthattunk ki belőlük. Egyenként érdemes áttekinteni őket. Az egyesületek történetéhez a 2–6. fondok iratai is fontos adalékokat tartalmaznak.

A nyomtatott és iktatott kórlapok a páciens állatok leírását, kórelőzményét, állapotának bemutatását, valamint tulajdonosának személyi adatait tartalmazzák. Belőlük kiderülnek a betegség tünetei, majd a gyógyítás teendői. Néhány kórlaphoz a kezelésben résztvevő hallgatók bővebb, kéziratos esettanulmányai fűződnek tapasztalataikról és következtetéseikről.
A kórlapok között nagyhírű állatorvos tudósok megfigyeléseire és dolgozataira is bukkanhatunk. Ilyen például az 552/1894. számú esetleírás, amely nagyrészt Zimmermann Ágoston munkája.
Az állag iratait időrendben helyeztük el. Az anyagot egyenkénti átnézéssel kutathatjuk.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 97–98.]

A hús- és tejhigiénia a 19. század végén került az állatorvosképzés tárgyai közé. Az előbbit Hutӱra Ferenc (1860–1934), Breuer Albert (1870–1930) és Semsey Géza (1894–1947), az utóbbit pedig Fettick Ottó (1875–1954) oktatta, akinek a munkáját 1905-től tejhigiéniai laboratórium segítette.
Már a 19. és 20. század fordulóján jogszabályok írták elő, hogy a hús és a tej forgalmazását állatorvosoknak kell ellenőrizniük. Ennek megfelelően a tanári kar szeretett volna külön szervezeti egységet létesíteni az élelmiszerhigiéniának. 1934-ben azonban főiskolánk a József Nádor Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem része lett, ahol nem volt lehetőség a terv megvalósítására, sőt a tejhigiéniai laboratórium is megszűnt. Így a tanszék csak jóval később, 1949-ben alakulhatott meg.
Mivel az utolsó iratok 1972-ben keletkeztek, a későbbi időszak iránt érdeklődő kutatóknak az 1 – 6. fondokat ajánljuk.
A fond 1920 után keletkezett részére jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[200 éves a magyar állatorvosi felsőoktatás. 1787–1987. Szerk. Holló Ferenc. Bp. 1987. 287–293.]

Bizonyos hallgatók az egyetemen hagyták személyi okmányaikat tanulmányaik végeztével. Bár ezek forrásértéke csekély, kiváló korjellemző iratok, különösen a Horthy-korszakban keletkezettek, melyek között nemzethűségi igazolásokat és diákegyesületi igazolványokat is találhatunk.

Tolnay Sándor (1747–1818) intézményünk 1787. évi alapításától kezdve sokat fáradozott egy szakkönyvtár felhalmozásáért. A 18. század végén és a 19. század első felében még nem volt szokás az egyetem tanszékein könyvgyűjteményeket létrehozni, ezért figyelemreméltó, hogy az Egyetemi Könyvtár két tanszéki gyűjteményét a csillagvizsgáló intézetben és az Institutum Veterinariumban, az állatgyógyászati tanszéken létesítette. Már e korai évekből is maradtak ránk könyvtári jegyzékek.
Bővülése ellenére a gyűjtemény a 19. század közepén még mindig nem volt elegendő az oktatás korszerűsítéséhez. Jelentős mértékű gyarapodás csak a kiegyezés után kezdődött. 1874-től már külön szakember kezelte a könyvanyagot. Bár a szakirodalom szerint hivatalosan ekkor alakult meg a könyvtár, a kinevezés inkább egy fontos állomás volt annak történetében. A következő évtizedek egyenletes fejlődéssel teltek. A második világháború szerencsére csak átmenetileg vetette vissza a folyamatot.
A könyvtár irányítása alá tartozik az Állatorvostudományi Egyetem levéltára és az Állatorvostörténeti Gyűjteménynek nevezett múzeum is. Mai formájában mindkét gyűjtemény az 1980-as évek közepén alakult meg. Igazgatásuk, működtetésük iratanyagát külön állagokba rendeztük a fondon belül.
A könyvtár jelenleg Hutӱra Ferenc (1860–1934) egykori rektor nevét viseli.
A fond anyagának 1920 után keletkezett részére jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 81.]

1901-ben a főiskola leválasztotta a járványtant a belgyógyászatról, s külön tanszékbe szervezte. Ennek vezetője először Hutӱra Ferenc (1860–1934), majd Manninger Rezső (1890–1970) lett. 1909-ben laboratórium egészítette ki, ám azt, feladatkörének kibővülése miatt, 1912-ben a Phylaxia Szérumtermelő Részvénytársaság vette át. 1933-ban a tanszék magába olvasztotta a Bakteriológiai Intézetet.
Az amúgy is rongált iratanyag rendezetlenül került a levéltárba. Szétválasztottuk az 1935 előtt még szabályosan iktatott és az 1935 utáni évek hivatali működésének iratait az egyéb tudományos kéziratoktól, jegyzetektől. Ebből a két csoportból alakítottuk ki a fond első két állagát. A harmadikat az intézethez szorosan kapcsolódó Magyar Mikrobiológiai Társaság dokumentumaiból létesítettük.
A fond anyagának az 1920 utáni részére jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 91.]