Az állag anyaga csak az 1944/45-ös tanévtől tekinthető jelentősebb forrásnak, a megelőző évekből csak szórványosan maradt meg néhány irat. Az 1919-1921 közötti anyag egy része, szerencsés véletlen folytán, éppen a Munkásmozgalmi Intézetben volt az Országos Levéltárba történő szállítás idején. A MMI-ből később hiányosan ugyan, de bekerült a Levéltárba. Az 1944-1950 közötti anyag sem teljes, hiánytalannak az 1951/52-es tanévtől mondható. Az iratok iktatása 1951. december 30-ig az Egyetemen alkalmazott módon, tanévenként sorszámosan történt. 1952-1957 között csoportszámos iktatást alkalmaztak. 1957. január 1-től visszatértek a sorszámos iktatásra, de már nem tanévek, hanem naptári évek szerint. Az iktatókönyvek 1935-től, a mutatókönyvek 1944/45-től maradtak meg. Az 1944 előtti anyag utólag készített index segítségével kutatható.
Az 1950 után a Rektori Hivatalban bevezetett szervezeti változások következtében az iktatott iratok kezelése is megváltozott. A Hivatalban központi iktatás folyt. Iktatás után az irat arra az osztályra került, amelynek feladatkörébe tartozott az ügy intézése. Az iktatókönyvbe be is jegyezték, hogy az anyagot hová továbbították, a visszahelyezése azonban nem mindig történt meg. Ez a központilag iktatott anyag megbontását idézte elő. Sok irat került a Személyzeti Osztályra, illetve a Tudományos Csoporthoz, amely témánként gyűjtötte az anyagot. Különösen érvényes ez az 1960-1970 közötti évekre, amikor az iratmennyiség is tetemesen felduzzadt. Ebben az időszakban legcélszerűbb témák szerint kutatni, ahogy az anyag jelenlegi rendezésében található.
Az állagon belül külön sorozatot képez a háború pusztításai után megmaradt 8 doboznyi égett irat. Az anyag rossz állapota miatt nem kutatható. Szintén külön egységet képez az alapítványi okiratok sorozat, itt található többek között Pázmány Péter alapítólevele, a Mária Terézia által kiadott Diploma Inaugurale stb. Itt nyertek elhelyezést a különféle pályamunkák díjazására tett alapítványok, valamint egyéb másolatok /pl.: a Diploma Inaugurale-ról, az egyetem birtokairól stb./ Az iratok nyelve latin, német és magyar.

Az iratanyag az egyetem vezetésével kapcsolatos iratanyagot tartalmazza, testületi ülések jegyzőkönyveit, a Rektori Hivatal iktatott iratait, az iktatott iratok közül kiválogatott tematikus iratcsoportokat és a tudományos fokozatokkal kapcsolatos nyilvántartásokat.

A gyűjteményes jellegű fondban található iratok nem kapcsolhatók a regisztratura jellegű fondok irataihoz. A személyi hagyatékok állagában olyan irattöredékeket helyeztünk el ABC-rendben, melyekből fondot a csekély iratmennyiség miatt nem tűnt célszerűnek kialakítani. A hallgatók személyi irataiban és az oklevélgyűjteményben bécsi, kolozsvári és zágrábi indexek, oklevelek is találhatók. Az ún. egyéb vegyes iratok nevet viselő állagban található pl. a kolozsvári egyetem 1944/45-ös működésére vonatkozó néhány irat, az 1764/75-ös országgyűlés naplója, amely a jogi karról került a levéltárba, továbbá az Eötvös-család bárói rangra emelő, Wosinski Imre nemesítő oklevele és Beöthy Imre adománylevele. Az újságcikkgyűjteményben magyar és külföldi lapok felsőoktatására vonatkozó cikkei kaptak helyet. Az Egyetemi Lapok című kiadványt - bár ez könyvtári gyűjtőkörbe tartozó anyag - megszűnéséig folyamatosan gyűjtötte a Levéltár, hiszen sok esetben a könyvtárakban sem maradt meg egy-egy lapszám. A h/ állagban az egyetem szervezeti, működési, tanulmányi szabályzatai, valamint az egyetemen működött egyesületek alapszabályai találhatók. A repertórium előző kiadásához képest az a változás történt, hogy a "Nyomtatványtár" című állag teljes anyagát átadtuk az Egyetemi Könyvtárnak. (Emiatt az addigi b állag betűjele a-ra, a c b-re stb. változott.