A Történeti Intézetet az 1949-es egyetemi reformok idején állították fel, a megszűnt Történelmi Szeminárium utódjaként, az addig különálló történelmi tanszékek összevonásával. A Vallás- és Közoktatásügyi Minisztérium még 1949 nyarán úgy rendelkezett, hogy a felállítandó Intézet élére igazgató tanácsot kell választania a Bölcsészettudományi Karnak. Ennek értelmében az Intézetben Szentpétery Imrét, Andics Erzsébetet, valamint Molnár Eriket választották meg igazgatónak. Szentpétery halála után az igazgató tanács tagja Lederer Emma lett. Az intézet igen nehéz feltételek között működött. Nem volt megfelelő az oktatói ellátottság, hiányoztak a megfelelő helyiségek, de a tanszékek könyvtárainak összevonásával kialakított intézeti könyvtár is csaknem használhatatlannak bizonyult. A Történeti Intézetet 1953-ban a Bölcsészettudományi Karral együtt a volt piarista gimnázium épületébe költöztették, s ezzel egy időben megkezdték a történelmi tanszékek újbóli felállítását a Bölcsészettudományi Karból kivált Történettudományi Karon, így az Intézet megszűnt. Az 1950-es évek második felében az egyes történeti tanszékek munkájának ideológiai összehangolása céljából Történész Tanszékcsoportot hoztak létre, amely 1960-ban már működött. Az egyetem 1969-ben elfogadott szervezeti és működési szabályzatában a tanszékcsoportok feladatát és szervezetét pontosan meghatározták. Eszerint a tanszékcsoport az azonos vagy rokon szakon oktató több tanszéknek az oktató-nevelő és a tudományos munka összehangolására létrehozott közös szervezete. Ezután az egész egyetemen újra szervezték a tanszékcsoportokat. A Történész Tanszékcsoport 1971-től Történettudományi Tanszékcsoport néven működött. 1974-től Történelemtudományi Tanszékcsoport, 1981-től újra Történettudományi Tanszékcsoport volt a neve. 2000 után vette fel ismét a Történeti Intézet nevet.
Vezetői:
Elekes Lajos 1960-1966
Sinkovics István 1966-1972
Arató Endre 1972-1977
Galántai József 1977-1992