A tudományos fokozat, azaz doktori cím az egyetemen megszerezhető ismeretanyag elsajátításának és az ehhez kapcsolódó, a tudomány területén végzett kutatás elvégzésének az igazolására szolgáló titulus. Az egyetem a megalakulástól kezdve adományozott doktori fokozatot az arra érdemesnek ítélt hallgatóinak, de 1949-ben – szovjet mintára – megvonták az egyetemtől ezt a jogot, és a Magyar Tudományos Akadémiának adták át. Bár az 1950-es években az egyetem visszakapta a doktori cím adományozásának lehetőségét, azonban ez nem minősült tudományos fokozatnak. Magyarországon az egyetemi diploma után az elsőként megszerezhető fokozat az egyetemi doktori (közkeletű néven „kisdoktori”), illetve 1984-től a „dr. univ.” volt. Ettől függetlenül szerezhető volt, de az esetek döntő többségében a dr. univ. címet követte az MTA Tudományos Minősítő Bizottsága által adott kandidátusi fokozat (CSc.). A kandidátusi címmel rendelkező személy a tudományok doktora (DSc.; az ún. „nagydoktori”) címet szerezhette meg.
Magyarországon 1993-ban vezették be fokozatosan, a megváltozott és egységesülő európai, illetve az akkor már közel egy évszázada alkalmazott amerikai szokásnak megfelelően a PhD-t. (Ezzel együtt kandidátusi fokozat elnyerésére utoljára 1997-ben lehetett jelentkezni, a folyamatban lévő ügyek a rákövetkező egy-két évben lezárultak.) A jelenlegi magyarországi tudományos minősítés háromosztatú, és immáron Európában szinte példa nélküli rendszerként ötvözi az angolszász, a német és a szovjet tudományos minősítéseket. A kisdoktori és a kandidátusi összeolvadásából létrejött a PhD, amellyel szemben az angolszász országokban, minthogy az egyetlen tudományos fokozatról van szó, a legkomolyabb minőségi elvárásokat támasztják.
A szovjet típusú tudományos minősítő rendszer eltűnésével szinkronban, a 1990-es évek közepén Magyarországon újra bevezették a habilitációt, amely bevett tudományos minősítés volt a szocialista éra előtt. Ez képezi a rendszer második elemét, amely a gyakorlatban csupán az MTA kutatóintézeteiben dolgozók számára nem szükséges, minthogy a habilitáció eredetileg az oktatás minőségét vizsgálja, és a kutatóintézetekben oktatás nem folyik.
A rendszer harmadik eleme az MTA doktora cím, amely teljességgel megegyezik a korábbi, szovjet típusú rendszer "tudományok doktora" minősítésével, csupán immáron nem tudományos fokozatnak, hanem címnek minősül.