A levéltár működése során keletkezett iratanyag az első évekből nagyon töredékesen maradt meg. Az 1956 és 1968 közötti évekből néhány iratot a Rektori Hivatal aktái közül válogattuk ki, s helyeztük el ide. Erről külön nyilvántartás készült. Pontos iratkezelésre és segédkönyvek vezetésére csak 1971 után került sor. Ettől kezdve az iratanyag az iktató- és mutatókönyvek segítségével jól kutatható. A szervnyilvántartó lapokat és a kutatószolgálat nyilvántartását külön állagokban őrizzük.

Az állag a levéltár iktatott iratait tartalmazza. Az iratok évente gyarapodnak, naptári év lezárását követően kerülnek be a fondba. 1956-1963 közti időszak hiányos. 1971-től 2009-ig mutató segítségével kutatható. 2009 után az elektronikus iktatás megjelenésével, a papír alapú iktatókönyvek vezetése véget ért, így az ez utáni időszak iratai között a tétel számok alapján lehet keresni. Az állagban továbbá megtalálhatók a levéltár gyarapodási, kölcsönzési és egyéb nyilvántartási naplói.

Az állag a levéltárral kapcsolatos pályázatokat tartalmazza.

Az állag a kutatói nyilvántartásokat és engedélyeket tartalmazza

Vegyesen tartalmazza a levéltári anyagok rendezéséhez szükséges segédleteket, továbbá megtalálható benne egyetemtörténeti kiadványok kéziratai, jegyzetei.

A Levéltár Ludovika téri épületének felújításával kapcsolatos terveket tartalmazza.

Szervezeti egységenként, csoportosítva tartalmazza a szervlátogatások jegyzőkönyveit és egyéb feljegyzéseket, a levéltár illetékeségi- és gyűjtőkörébe tartozó szervekről.

A fonddossziék tartalmazzák a levéltári fondok változásával, rendezésével kapcsolatos információkat.