II. József 1786. december 12-én adta ki az egyetemi orvosi kar állatgyógyászati tanszékének alapításáról szóló rendeletét. A Helytartótanács ennek alapján részletezte az új intézmény létrehozásának teendőit 1787. február 6-án. Az oktatás ugyanazon év nyarán kezdődött meg. Eleinte még a képzéshez szükséges eszközök is hiányoztak, ezeket Tolnay Sándornak (1747–1818), a tanszék első vezetőjének csak hosszú évek munkájával sikerült beszereznie. A század végén a tanszék mellett állatgyógyintézet létesült. Az itt dolgozók klinikai gyakorlatot végeztek, valamint kovácsmesteri és alapvető állatorvosi tanfolyamokat tartottak. A tanszék és az intézet egészen 1851-ig változatlan formában működött, dacára a reformterveknek és javaslatoknak.
Ha összehasonlítjuk a fond és az akkori tudományegyetem más tanszékeinek gyűjteményét, megállapíthatjuk, hogy a 19. század közepéig ez az egyik legnagyobb mennyiségben megmaradt iratanyagunk. Igaz: az egyetem központi hivatalainak korabeli hagyatéka sokkal gazdagabb.
A fond iratanyagát három tematikus állagra bontottuk, továbbá egy-egy különálló gyűjteményből két újabb állagot hoztunk létre.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 31.]

Intézményünk 2016. július 1-én vált ki a Szent István Egyetemből, így visszanyerte 2000 előtti függetlenségét. Fenntartónk 2016 és 2020 között az Emberi Erőforrások Minisztériuma volt, gazdálkodásunkat kancellár felügyelte. 2020. augusztus 1-től a Marek József Alapítvány biztosítja működésünket, a kancellári rendszer pedig megszűnt.
A fondra jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak k kutatható.

A Jubileumi Iroda feladata az évfordulós ünnepségek és megemlékezések szervezése volt.

A 19. században gyorsult a tudományágak fejlődése, egymást érték a korábbi meggyőződéseket felülíró felfedezések. Csupán az egyetemen szerzett tudással már nem lehetett egy életen át tudományt művelni, folyamatosan el kellett sajátítani a szakma újdonságait. Ehhez a szakmai lapok, folyóiratok böngészésén túl tanfolyamokra volt szükség. Látván a régóta gyakorló állatorvosok elavult ismereteit, Hutӱra Ferenc (1860–1934) ismétlő kurzusok indítását kezdeményezte 1898-ban. Az I. világháború idején főiskolánknak fel kellett hagynia a hasznos gyakorlattal. A két világháború között a Magyar Országos Állatorvos-Egyesület rendezett tudományos üléseket a fővárosban és vidéken egyaránt, de nem rendszeresen. 1945 után egy darabig különféle szakszervezetek intézték a továbbképzést.
Az 1948 után regnáló kommunista vezetés a nagyüzemi állattartás kiépítésére törekedett. Mivel ehhez az állatorvosok naprakész tudása is kellett, 1955-ben a Földművelésügyi Minisztérium az akkori Állatorvostudományi Főiskola feladatává tette a továbbképzést. Intézményünk néhány hétig tartó, egyes típusoknál bentlakásos tanfolyamokat indított.
Az 1960-as évektől már bizonyos részterületekre felkészített állatorvosokra is igényelt a mezőgazdaság. Éveken tartó előkészítés után az 1970/1971. tanévben kezdte meg egyetemünk a szakállatorvosok posztgraduális képzését. Így nevelt ki baromfiegészségügyi, sertésegészségügyi, szarvasmarhaegészségügyi, állathigiéniai, élelmiszerhigiéniai, állategészségügyi igazgatási-szervezési, laboratóriumi, szaporodásbiológiai és klinikai szakembereket az 1970-es és 1980-as években.
A rendszerváltás után visszaesett a haszonállattartás mértéke, majd a 2010-es években ismét fellendült. A folyamattal egyetemünk a továbbképzés módosításával is igyekszik lépést tartani.
A fond anyagának egy részére jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak részben kutatható.
[200 éves a magyar állatorvosi felsőoktatás. 1787–1987. Szerk. Holló Ferenc. Bp. 1987. 82.; 153–156.]

1901-ben a főiskola leválasztotta a járványtant a belgyógyászatról, s külön tanszékbe szervezte. Ennek vezetője először Hutӱra Ferenc (1860–1934), majd Manninger Rezső (1890–1970) lett. 1909-ben laboratórium egészítette ki, ám azt, feladatkörének kibővülése miatt, 1912-ben a Phylaxia Szérumtermelő Részvénytársaság vette át. 1933-ban a tanszék magába olvasztotta a Bakteriológiai Intézetet.
Az amúgy is rongált iratanyag rendezetlenül került a levéltárba. Szétválasztottuk az 1935 előtt még szabályosan iktatott és az 1935 utáni évek hivatali működésének iratait az egyéb tudományos kéziratoktól, jegyzetektől. Ebből a két csoportból alakítottuk ki a fond első két állagát. A harmadikat az intézethez szorosan kapcsolódó Magyar Mikrobiológiai Társaság dokumentumaiból létesítettük.
A fond anyagának az 1920 utáni részére jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 91.]

A középkor és kora újkor évszázadaiból örökölt szokás szerint a kovácsok kezelték a patás haszonállatok, elsősorban a lovak lábának sérüléseit, betegségeit. A patkoló- és gyógykovácsok képzése ezért a 19. század közepéig volt előírt feladata intézményünknek. A Patkolda külön szervezeti egységként üzemelt. Még az ország távoli pontjain élő gazdák is ide küldték lovaikat. A kezelésért, vasalásért kapott fizetség az alma mater fontos bevételi forrása volt. A század második felében a sebészet fejlődése lassan háttérbe szorította a mesterséget, majd 1930-ban a Patkolástani Intézet a Sebészeti Klinikába olvadt.
A fond első két állaga a patkolda csekély forrásértékű, ám korjellemző nyilvántartásaiból áll. Ugyancsak itt találhatjuk meg a patkolási és gyógykovácsi tanfolyamok névsorait.
[Szögi László: Az Állatorvostudományi Egyetem Levéltára (1741) 1787–1972. (Az Állatorvostudományi Egyetem Központi Könyvtárának Kiadványai 1.) Bp. 1985. 101.]

A fond az egyetemen alapított vagy az egyetemhez szorosan kötődő szervezetek iratait tartalmazza.
A fondra jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.

Egyetemünk történetének kezdeti szakaszában csak a „cursus epizootologiae” hallgatóinak kellett járványtant tanulniuk, mivel azt az akkori vezetés pusztán elméletinek tartotta, ezért egyelőre nem illesztette bele a gyakorlati jellegű „cursus hippiatriae” anyagába. Ezt később az intézményt 1826 és 1841 között irányító Hoffner József (1794–1841) tette meg.
Zlamál Vilmos (1803–1886) 1841-től tanította az állatjárványtant, valamint önálló tantárggyá, 1865-ben pedig szigorlati anyaggá tette. Az 1873/1874. tanévben azonban a tanári kar a belgyógyászatba olvasztotta, s ez visszalépést jelentett az addigiakhoz képest. Zlamál munkáját, annak 1881-es nyugalomba vonulása után, a belgyógyászat fiatal tanára, Azary Ákos (1850–1888) folytatta. Ő honosította meg hazánkban a lépfene és a sertésorbánc elleni vakcinás védekezést. 1888-ban bekövetkező korai halála után a belgyógyászat következő oktatója, Hutӱra Ferenc (1860–1934) ismerte fel a járványtan évről évre növekvő jelentőségét. Nemcsak a stúdium önállóságát adta vissza, hanem külön tanszékké is szervezte azt 1901-ben.
A Járványtani Tanszékkel együttműködő Magyar Királyi Bakteriológiai Intézet és Járványtani Intézet iratait a 71., illetve a 72. fond tartalmazza.
Az 1987 előtti korszakok kutatóinak az 1–6. fondokat ajánljuk.
A fondra jelenleg a köziratokról, a közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvényben megfogalmazott védelmi idő szabályai vonatkoznak, így az csak korlátozottan kutatható.
[200 éves a magyar állatorvosi felsőoktatás. 1787–1987. Szerk. Holló Ferenc. Bp. 1987. 321–322.]