Az egyetemen 1946. augusztus-szeptemberére tehető a szakszervezeti mozgalom megindulása. Ekkor még jórészt altisztek, hivatalsegédek és kisegítő dolgozók voltak a szakszervezet tagjai: az egyetem oktatói között 1947 végén indult meg az ez irányú szervezkedés. 1948-ban még hat-hét különböző szakszervezetbe tartoztak az egyetem alkalmazottai, s csak az 1950-es, 1960-as évek elején kerültek egységesen a Pedagógusok Szakszervezetének irányítása alá. Az 1956 utáni években igen korlátozott volt a szakszervezet tevékenysége. 1959 januárjában alakították meg az új Szakszervezeti Bizottságokat, melyeknek fő célja az érdekvédelem mellett a párt politikájának a szakszervezet eszközeivel való támogatása, a felsőoktatási reform előkészítése és a tananyag korszerűsítése volt.

Az 1950-es években az érdekvédelem, az üdültetés, a lakás- körülmények javítása, a szociális intézmények fejlesztése, a segélyezés mögött az oktató-nevelőmunka segítése háttérbe szorult, ugyanakkor a politikai tevékenység - tömegmegmozdulások, szemináriumok, politikai előadások szervezése, rendezése - a szakszervezet munkájának alapjává vált.
Az 1956 utáni években igen korlátozott volt a szakszervezet tevékenysége. 1959 januárjában alakították meg az új Szakszervezeti Bizottságokat, melyeknek fő célja az érdekvédelem mellett a párt politikájának a szakszervezet eszközeivel való támogatása, a felsőoktatási reform előkészítése és a tananyag korszerűsítése volt.

Az 1960-as évektől a Pedagógusok Szakszervezetének egyetemi és kari szervei az Egyetem vezetőivel együttműködve segítik az egyetem dolgozóinak politikai nevelését és gyakorolják a szak- szervezet részére szabályokban biztosított jogokat. Emellett részt vesznek az egyetemi és kari tanácsok, valamint más testületek munkájában is, ahol a dolgozók érdekeit kell képviselniük.

A magyarországi rendszerváltozást közvetlenül megelőző időben a megújulni vágyó magyar közéletben megfogalmazódott az ágazati érdekvédelmi tevékenység erősítésének igénye. Ennek eredményeként 1988-ban – a Pedagógusok Szakszervezetéből kiválva – megalakult a Felsőoktatási Dolgozók Szakszervezete, amely az FDSZ Alapszabályában rögzítettek szerint önállóan működő, egyenrangú intézményi alapszervezetek szövetsége.